| MirGeneDB ID | Tni-Mir-199-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-199 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tni-mir-199-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-199-P1b-v1 Tni-Mir-199-P2a-v1 Tni-Mir-199-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-199-P1-v1 Ami-Mir-199-P1-v1 Bta-Mir-199-P1-v1 Cfa-Mir-199-P1-v1 Cja-Mir-199-P1-v1 Cli-Mir-199-P1-v1 Cmi-Mir-199-P1-v1 Cpi-Mir-199-P1-v1 Cpo-Mir-199-P1-v1 Dno-Mir-199-P1-v1 Eca-Mir-199-P1-v1 Ete-Mir-199-P1-v1 Gga-Mir-199-P1-v1 Gja-Mir-199-P1-v1 Gmo-Mir-199-P1b-v1 Hsa-Mir-199-P1-v1 Laf-Mir-199-P1-v1 Lch-Mir-199-P1 Loc-Mir-199-P1-v1 Mal-Mir-199-P1b-as Mal-Mir-199-P1b-v1 Mdo-Mir-199-P1-v1 Mml-Mir-199-P1-v1 Mmr-Mir-199-P1-v1 Mmu-Mir-199-P1-v1 Mun-Mir-199-P1-v1 Neu-Mir-199-P1-v1 Oan-Mir-199-P1-v1 Ocu-Mir-199-P1-v1 Pab-Mir-199-P1-v1 Pbv-Mir-199-P1-v1 Pma-Mir-199-o1 Rno-Mir-199-P1-v1 Sha-Mir-199-P1-v1 Spt-Mir-199-P1 Sto-Mir-199-P1-v1 Tgu-Mir-199-P1-v1 Xtr-Mir-199-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
15: 2934183-2934243 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-199-P1b-v2) |
Mir-199-P1b-v1
15: 2934183-2934243 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-199-P1b-v2 15: 2934183-2934243 [+] UCSC Ensembl Mir-199-P1b-v3 15: 2934183-2934243 [+] UCSC Ensembl Mir-214-P2-v1 15: 2935595-2935657 [+] UCSC Ensembl Mir-214-P2-v2 15: 2935596-2935656 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Tni-Mir-199-P1b-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGCCUGGCUCCUCCACCCGGCUCCGUCCACCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAUUGUCAUACUGGUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGACUGGGCACGGACCCUCGUCUGUCAGUCUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGGCCUGGCUCCUCCAC- -| C CAC U C U UUGUC CCG GCUC GUC CCAGUGU CAGACUAC UGU CA A GGC CGGG CAG GGUUACA GUCUGAUG ACA GU U UCUGACUGUCUGCUCCCA A^ U AUU C - U GGUCA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tni-Mir-199-P1b-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0002960 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCA -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tni-Mir-199-P1b-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Tni-Mir-199-P1b-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGCCUGGCUCCUCCACCCGGCUCCGUCCACCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAUUGUCAUACUGGUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGACUGGGCACGGACCCUCGUCUGUCAGUCUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGGCCUGGCUCCUCCAC- -| C CAC U C U AUUGUC CCG GCUC GUC CCAGUGU CAGACUAC UGU C A GGC CGGG CAG GGUUACA GUCUGAUG ACA G U UCUGACUGUCUGCUCCCA A^ U AUU C - U UGGUCA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tni-Mir-199-P1b-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0002960 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tni-Mir-199-P1b-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- ACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Tni-Mir-199-P1b-v3 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGUAGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGCCUGGCUCCUCCACCCGGCUCCGUCCACCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAUUGUCAUACUGGUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGACUGGGCACGGACCCUCGUCUGUCAGUCUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGGCCUGGCUCCUCCAC- -| C CAC U C UCAUUGUC CCG GCUC GUC CCAGUGU CAGACUAC UGU A GGC CGGG CAG GGUUACA GUCUGAUG ACA U UCUGACUGUCUGCUCCCA A^ U AUU C - UGUGGUCA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tni-Mir-199-P1b-v3_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0002960 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tni-Mir-199-P1b-v3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
|
