MirGeneDB ID | Tni-Mir-146-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-146 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-146-P1 Ami-Mir-146-P1 Bta-Mir-146-P1 Cfa-Mir-146-P1 Cja-Mir-146-P1 Cli-Mir-146-P1 Cmi-Mir-146-P1 Cpi-Mir-146-P1 Cpo-Mir-146-P1 Dno-Mir-146-P1 Dre-Mir-146-P1 Ebu-Mir-146 Eca-Mir-146-P1 Ete-Mir-146-P1 Gga-Mir-146-P1 Gja-Mir-146-P1 Gmo-Mir-146-P1 Hsa-Mir-146-P1 Laf-Mir-146-P1 Lch-Mir-146-P1 Loc-Mir-146-P1 Mal-Mir-146-P1 Mdo-Mir-146-P1 Mml-Mir-146-P1 Mmr-Mir-146-P1 Mmu-Mir-146-P1 Mun-Mir-146-P1 Oan-Mir-146-P1 Ocu-Mir-146-P1 Pab-Mir-146-P1 Pbv-Mir-146-P1 Pma-Mir-146 Rno-Mir-146-P1 Sha-Mir-146-P1 Spt-Mir-146-P1 Tgu-Mir-146-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
17: 4971502-4971563 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGAACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAAAACAGACUUUAAGGAGUGCUCUGCUGUGAGAACUGAAUUCCAUAGAUGGUGACAUUUGUAUGUGUCAUCUAUGGGCUCAGUUCUUUUGGCUUGGUACUGUUUUGCCGACAGUUAUUACGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 AGAAAACAGACUUUAAGG--| CU U AU UGACAUU AGUGCU GCUG GAGAACUGA UCCAUAGAUGG \ UCAUGG CGGU UUCUUGACU GGGUAUCUACU U CAUUAUUGACAGCCGUUUUG^ UU U C- GUGUAUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Tni-Mir-146-P1_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGAACUGAAUUCCAUAGAUGG -23
Get sequence
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Star sequence | Tni-Mir-146-P1_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- AUCUAUGGGCUCAGUUCUUUUG -62
Get sequence
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