MirGeneDB ID | Ami-Mir-146-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-146 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-mir-146b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ami-Mir-146-P2 Ami-Mir-146-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-146-P1 Bta-Mir-146-P1 Cfa-Mir-146-P1 Cja-Mir-146-P1 Cli-Mir-146-P1 Cmi-Mir-146-P1 Cpi-Mir-146-P1 Cpo-Mir-146-P1 Dno-Mir-146-P1 Dre-Mir-146-P1 Ebu-Mir-146 Eca-Mir-146-P1 Ete-Mir-146-P1 Gga-Mir-146-P1 Gja-Mir-146-P1 Gmo-Mir-146-P1 Hsa-Mir-146-P1 Laf-Mir-146-P1 Lch-Mir-146-P1 Loc-Mir-146-P1 Mal-Mir-146-P1 Mdo-Mir-146-P1 Mml-Mir-146-P1 Mmr-Mir-146-P1 Mmu-Mir-146-P1 Mun-Mir-146-P1 Oan-Mir-146-P1 Ocu-Mir-146-P1 Pab-Mir-146-P1 Pbv-Mir-146-P1 Pma-Mir-146 Rno-Mir-146-P1 Sha-Mir-146-P1 Spt-Mir-146-P1 Tgu-Mir-146-P1 Tni-Mir-146-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017709336.1: 14431087-14431146 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGAACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAGCAGUCUCGUACCUCGCUCCUUGGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUAGGCUUUAAAAGACAAAAAAAGCCCUAUGGAUUCAGUUCUGUAGCUGGGCGGCAAAUAAACACCCAACUUCCCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GCAGCAGUCUCGUACCUC--| C UG UUG U - AAAAG GCU CU GCU AGAACUGAAU CCAUAGG CUUU \ CGG GG CGA UCUUGACUUA GGUAUCC GAAA A CCCUUCAACCCACAAAUAAA^ C GU UG- - C AAAAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ami-Mir-146-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038172 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGAACUGAAUUCCAUAGGCUUU -24
Get sequence
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Star sequence | Ami-Mir-146-P1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0038173 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AGCCCUAUGGAUUCAGUUCUGUA -60
Get sequence
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