MirGeneDB ID | Rno-Mir-146-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-146 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGAACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Norway rat (Rattus norvegicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | rno-mir-146b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Rno-Mir-146-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-146-P1 Ami-Mir-146-P1 Bta-Mir-146-P1 Cfa-Mir-146-P1 Cli-Mir-146-P1 Cmi-Mir-146-P1 Cpi-Mir-146-P1 Cpo-Mir-146-P1 Dno-Mir-146-P1 Dre-Mir-146-P1 Ebu-Mir-146 Ete-Mir-146-P1 Gga-Mir-146-P1 Gja-Mir-146-P1 Gmo-Mir-146-P1 Hsa-Mir-146-P1 Lch-Mir-146-P1 Loc-Mir-146-P1 Mal-Mir-146-P1 Mdo-Mir-146-P1 Mml-Mir-146-P1 Mmu-Mir-146-P1 Mun-Mir-146-P1 Oan-Mir-146-P1 Ocu-Mir-146-P1 Pbv-Mir-146-P1 Pma-Mir-146 Sha-Mir-146-P1 Spt-Mir-146-P1 Tgu-Mir-146-P1 Tni-Mir-146-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rn6) |
chr1: 266089502-266089561 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAGGCUGAGAGAACUUUGGCCACCUGGCCCUGAGAACUGAAUUCCAUAGGCUGUGAACUCUAGCAGAUGCCCUAGGGACUCAGUUCUGGUGCCUGGCUGUGCUACACCAUCGAUACCAACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAGGCUGAGAGAACUUU-----| CCU - UG A AUA UGUGAACU GGCCA GGC CC AGAACUGA UUCC GGC \ UCGGU CCG GG UCUUGACU AGGG CCG C CAACCAUAGCUACCACAUCGUG^ --- U -- C AUC UAGACGAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Rno-Mir-146-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0005595 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGAACUGAAUUCCAUAGGCUGU -24
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005595 TargetScanVert: rno-miR-146b-5p miRDB: MIMAT0005595 |
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Star sequence | Rno-Mir-146-P1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0017334 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- GCCCUAGGGACUCAGUUCUGGU -60
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: rno-miR-146b-3p miRDB: MIMAT0017334 |