MirGeneDB ID | Gmo-Mir-146-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-146 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-mir-146 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-146-P1 Ami-Mir-146-P1 Bta-Mir-146-P1 Cfa-Mir-146-P1 Cja-Mir-146-P1 Cli-Mir-146-P1 Cmi-Mir-146-P1 Cpi-Mir-146-P1 Cpo-Mir-146-P1 Dno-Mir-146-P1 Dre-Mir-146-P1 Ebu-Mir-146 Eca-Mir-146-P1 Ete-Mir-146-P1 Gga-Mir-146-P1 Gja-Mir-146-P1 Hsa-Mir-146-P1 Laf-Mir-146-P1 Lch-Mir-146-P1 Loc-Mir-146-P1 Mal-Mir-146-P1 Mdo-Mir-146-P1 Mml-Mir-146-P1 Mmr-Mir-146-P1 Mmu-Mir-146-P1 Mun-Mir-146-P1 Oan-Mir-146-P1 Ocu-Mir-146-P1 Pab-Mir-146-P1 Pbv-Mir-146-P1 Pma-Mir-146 Rno-Mir-146-P1 Sha-Mir-146-P1 Spt-Mir-146-P1 Tgu-Mir-146-P1 Tni-Mir-146-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_4588: 449897-449955 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGAACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAGACCAUAGUUCAACUGGUGCUCUACUAUGAGAACUGAAUUCCAUAGAUGGCUCGCUCAGGUAUCGUCUAUGGGCUCAGUUCUUUUGGCAUGGUACUCAUUUUCCAAACAUAUUAACGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 ACAGACCAUAGUUCAACU--| CUA U AU CUCGC GGUGCU CUA GAGAACUGA UCCAUAGAUGG U UCAUGG GGU UUCUUGACU GGGUAUCUGCU C CAAUUAUACAAACCUUUUAC^ UAC U C- AUGGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Dicer cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gmo-Mir-146-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0044297 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGAACUGAAUUCCAUAGAUGG -23
Get sequence
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Star sequence | Gmo-Mir-146-P1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0044298 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- GUCUAUGGGCUCAGUUCUUUUG -59
Get sequence
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