MirGeneDB ID | Pma-Mir-33-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-33 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGCAUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pma-mir-33a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pma-Mir-33-o2 Pma-Mir-33-o3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-33 Aca-Mir-33-P1 Ami-Mir-33-P1 Bge-Mir-33 Bta-Mir-33-P1 Cfa-Mir-33-P1 Cgi-Mir-33 Cin-Mir-33 Cli-Mir-33-P1 Cmi-Mir-33-P1 Cpi-Mir-33-P1 Cpo-Mir-33-P1 Csc-Mir-33 Cte-Mir-33 Dan-Mir-33 Dma-Mir-33 Dme-Mir-33 Dmo-Mir-33 Dno-Mir-33-P1 Dpu-Mir-33 Dre-Mir-33-P1a Dsi-Mir-33 Dya-Mir-33 Ebu-Mir-33 Efe-Mir-33 Esc-Mir-33 Ete-Mir-33-P1 Gga-Mir-33-P1 Gja-Mir-33-P1 Gmo-Mir-33-P1a Gmo-Mir-33-P1b Hsa-Mir-33-P1 Isc-Mir-33 Lch-Mir-33-P1 Lgi-Mir-33 Loc-Mir-33-P1 Mal-Mir-33-P1a Mal-Mir-33-P1b Mml-Mir-33-P1 Mun-Mir-33-P1 Npo-Mir-33 Oan-Mir-33-P1 Obi-Mir-33 Ocu-Mir-33-P1 Ovu-Mir-33 Pbv-Mir-33-P1 Pfl-Mir-33 Pmi-Mir-33 Sko-Mir-33 Spt-Mir-33-P1 Spu-Mir-33 Sto-Mir-33-P1 Tca-Mir-33 Tgu-Mir-33-P1 Tni-Mir-33-P1a Tni-Mir-33-P1b Xbo-Mir-33 Xla-Mir-33-P1c Xla-Mir-33-P1d Xtr-Mir-33-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046094.1: 312250-312305 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGAUUAUUUAAGAGCUCAACUGUGGCUGUGGUGCAUUGUAGUUGCAUUGUAUGGGAAGGGAUGUACAAUGCAUCUGCAGUGCAGCACAGAUACAGUGAAAAGGCCUGCUGUCUGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GGAUUAUUUAAGAGCUCA--| G G U GGGA ACUGUG CUGUG UGCAUUGUAG UGCAUUGUAU A UGACAU GACAC ACGUGACGUC ACGUAACAUG G CAGUCUGUCGUCCGGAAAAG^ A G U UAGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pma-Mir-33-o1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0019433 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUGCAUUGUAGUUGCAUUGUAU -22
Get sequence
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Star sequence | Pma-Mir-33-o1_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- ACAAUGCAUCUGCAGUGCAGCA -56
Get sequence
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