MirGeneDB ID | Tni-Mir-33-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-33 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGCAUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tni-Mir-33-P1a Tni-Mir-33-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-33 Aca-Mir-33-P1 Ami-Mir-33-P1 Bge-Mir-33 Bta-Mir-33-P1 Cfa-Mir-33-P1 Cgi-Mir-33 Cin-Mir-33 Cli-Mir-33-P1 Cmi-Mir-33-P1 Cpi-Mir-33-P1 Cpo-Mir-33-P1 Csc-Mir-33 Cte-Mir-33 Dan-Mir-33 Dma-Mir-33 Dme-Mir-33 Dmo-Mir-33 Dno-Mir-33-P1 Dpu-Mir-33 Dsi-Mir-33 Dya-Mir-33 Ebu-Mir-33 Efe-Mir-33 Esc-Mir-33 Ete-Mir-33-P1 Gga-Mir-33-P1 Gja-Mir-33-P1 Gmo-Mir-33-P1b Hsa-Mir-33-P1 Isc-Mir-33 Lch-Mir-33-P1 Lgi-Mir-33 Loc-Mir-33-P1 Mal-Mir-33-P1b Mml-Mir-33-P1 Mun-Mir-33-P1 Npo-Mir-33 Oan-Mir-33-P1 Obi-Mir-33 Ocu-Mir-33-P1 Ovu-Mir-33 Pbv-Mir-33-P1 Pfl-Mir-33 Pma-Mir-33-o1 Pmi-Mir-33 Sko-Mir-33 Spt-Mir-33-P1 Spu-Mir-33 Sto-Mir-33-P1 Tca-Mir-33 Tgu-Mir-33-P1 Xbo-Mir-33 Xtr-Mir-33-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
2: 6025426-6025486 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGCAGUGGUCCACCGAUGCCCUGAGCUGUGGUGCAUUGUAGUUGCAUUGCACGUCCGGCUGAACACAGUGCAAUGGAUCUGCUCUGCAGUACAGAACUUGGUGAAACAUCAAGCUGCUAGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGCAGUGGUCCACCGAU--| CUGAG G UU UUG CGUCCGGC GCC CUGUG UGCA GUAG CAUUGCA \ UGG GACAU ACGU CGUC GUAACGU U UGAUCGUCGAACUACAAAG^ UUCAA G CU UAG GACACAAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Tni-Mir-33-P1b_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUGCAUUGUAGUUGCAUUGCA -21
Get sequence
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Star sequence | Tni-Mir-33-P1b_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CAAUGGAUCUGCUCUGCAGUA -61
Get sequence
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