MirGeneDB ID | Tgu-Mir-33-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-33 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGCAUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tgu-Mir-33-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-33 Aca-Mir-33-P1 Ami-Mir-33-P1 Bge-Mir-33 Bta-Mir-33-P1 Cfa-Mir-33-P1 Cgi-Mir-33 Cin-Mir-33 Cli-Mir-33-P1 Cmi-Mir-33-P1 Cpi-Mir-33-P1 Cpo-Mir-33-P1 Csc-Mir-33 Cte-Mir-33 Dan-Mir-33 Dma-Mir-33 Dme-Mir-33 Dmo-Mir-33 Dno-Mir-33-P1 Dpu-Mir-33 Dre-Mir-33-P1a Dsi-Mir-33 Dya-Mir-33 Ebu-Mir-33 Efe-Mir-33 Esc-Mir-33 Ete-Mir-33-P1 Gga-Mir-33-P1 Gja-Mir-33-P1 Gmo-Mir-33-P1a Gmo-Mir-33-P1b Hsa-Mir-33-P1 Isc-Mir-33 Lch-Mir-33-P1 Lgi-Mir-33 Loc-Mir-33-P1 Mal-Mir-33-P1a Mal-Mir-33-P1b Mml-Mir-33-P1 Mun-Mir-33-P1 Npo-Mir-33 Oan-Mir-33-P1 Obi-Mir-33 Ocu-Mir-33-P1 Ovu-Mir-33 Pbv-Mir-33-P1 Pfl-Mir-33 Pma-Mir-33-o1 Pmi-Mir-33 Sko-Mir-33 Spt-Mir-33-P1 Spu-Mir-33 Sto-Mir-33-P1 Tca-Mir-33 Tni-Mir-33-P1a Tni-Mir-33-P1b Xbo-Mir-33 Xla-Mir-33-P1c Xla-Mir-33-P1d Xtr-Mir-33-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (TaeGut1_add) |
14: 5834816-5834875 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGGCGGGAGGUGCCCCCGACCCUCGCGGGGGUGCAUUGUAGUUGCAUUGCAUGUGUCAGACUGGGAGUGCAAUGCCCCUGCCAUGCAGCCCGGCGGGGGUCCCGCGCAGCAGCGCCUGCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGGCGGGAGGUGCCCCC--| G G U UU UGUGUCA GACCCUCGC GGG UGCAU GUAG GCAUUGCA G CUGGGGGCG CCC ACGUA CGUC CGUAACGU A CCGUCCGCGACGACGCGCC^ G G C CC GAGGGUC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Tgu-Mir-33-P1_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUGCAUUGUAGUUGCAUUGCA -21
Get sequence
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Star sequence | Tgu-Mir-33-P1_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- CAAUGCCCCUGCCAUGCAGCC -60
Get sequence
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