MirGeneDB ID | Xla-Mir-33-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-33 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGCAUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xla-mir-33a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xla-Mir-33-P1c Xla-Mir-33-P3a Xla-Mir-33-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-33 Aca-Mir-33-P1 Ami-Mir-33-P1 Bge-Mir-33 Bta-Mir-33-P1 Cfa-Mir-33-P1 Cgi-Mir-33 Cin-Mir-33 Cli-Mir-33-P1 Cmi-Mir-33-P1 Cpi-Mir-33-P1 Cpo-Mir-33-P1 Csc-Mir-33 Cte-Mir-33 Dan-Mir-33 Dma-Mir-33 Dme-Mir-33 Dmo-Mir-33 Dno-Mir-33-P1 Dpu-Mir-33 Dsi-Mir-33 Dya-Mir-33 Ebu-Mir-33 Efe-Mir-33 Esc-Mir-33 Ete-Mir-33-P1 Gga-Mir-33-P1 Gja-Mir-33-P1 Hsa-Mir-33-P1 Isc-Mir-33 Lch-Mir-33-P1 Lgi-Mir-33 Loc-Mir-33-P1 Mml-Mir-33-P1 Mun-Mir-33-P1 Npo-Mir-33 Oan-Mir-33-P1 Obi-Mir-33 Ocu-Mir-33-P1 Ovu-Mir-33 Pbv-Mir-33-P1 Pfl-Mir-33 Pma-Mir-33-o1 Pmi-Mir-33 Sko-Mir-33 Spt-Mir-33-P1 Spu-Mir-33 Sto-Mir-33-P1 Tca-Mir-33 Tgu-Mir-33-P1 Xbo-Mir-33 Xtr-Mir-33-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030741.1: 99915860-99915919 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAGGUGCAAGUAGAUGGAACUGUGGCUGCGGUGCAUUGUAGUUGCAUUGCAUGUGAUAUCGGUGAUGUGCAAUGUGCCUGCAGUGCAACACAGAGGCAGUGCCGGAUCUUCAAUACAGAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAGGUGCAAGUAGAUGGA--| GG CGG UU UGUGAUA ACUGU CUG UGCAUUGUAG GCAUUGCA U UGACG GAC ACGUGACGUC UGUAACGU C AAGACAUAACUUCUAGGCCG^ GA ACA CG GUAGUGG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Xla-Mir-33-P1d_5p |
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mirBase accession | MIMAT0046580 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUGCAUUGUAGUUGCAUUGCA -21
Get sequence
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Star sequence | Xla-Mir-33-P1d_3p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0046581 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- CAAUGUGCCUGCAGUGCAACA -60
Get sequence
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