MirGeneDB ID | Ocu-Mir-459 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-459 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ocu-mir-802 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-459 Bta-Mir-459 Cfa-Mir-459 Cja-Mir-459 Cli-Mir-459 Cpi-Mir-459 Cpo-Mir-459 Dno-Mir-459 Dre-Mir-459 Ebu-Mir-459 Eca-Mir-459 Ete-Mir-459 Gmo-Mir-459 Hsa-Mir-459 Laf-Mir-459 Loc-Mir-459 Mal-Mir-459 Mml-Mir-459 Mmr-Mir-459 Mmu-Mir-459 Mun-Mir-459 Oan-Mir-459 Pab-Mir-459 Pma-Mir-459 Rno-Mir-459 Spt-Mir-459 Sto-Mir-459 Tni-Mir-459 Xla-Mir-459-P1 Xla-Mir-459-P2 Xtr-Mir-459 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0031: 2484484-2484544 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGUAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAUCACGCCUAGAUUUCUAUUAUUUGCAGUCAGUAACAAAGAUUCAGCCUUGGGUCUGUCACGCAACAAGGAGAAUCUUUGUCACUUAGUGUAAUUAAUAGCUGCACCUCGCCUGGAACAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 UGAUCACGCCUAGAUUU--| U GUC A AG GGUCUG CUAUUA UUGCA AGU ACAAAGAUUC CCUUG U GAUAAU AAUGU UCA UGUUUCUAAG GGAAC C ACAAGGUCCGCUCCACGUC^ U GAU C A- AACGCA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ocu-Mir-459_5p |
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mirBase accession | MIMAT0048569 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCAGUAACAAAGAUUCAGCCUUGG -24
Get sequence
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Star sequence | Ocu-Mir-459_3p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0048570 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- AAGGAGAAUCUUUGUCACUUAGU -61
Get sequence
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