| MirGeneDB ID | Ami-Mir-459 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-459 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGUAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-459 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-459 Cfa-Mir-459 Cli-Mir-459 Cpi-Mir-459 Cpo-Mir-459 Dno-Mir-459 Dre-Mir-459 Ebu-Mir-459 Ete-Mir-459 Gmo-Mir-459 Hsa-Mir-459 Loc-Mir-459 Mal-Mir-459 Mml-Mir-459 Mmu-Mir-459 Mun-Mir-459 Oan-Mir-459 Ocu-Mir-459 Pma-Mir-459 Rno-Mir-459 Spt-Mir-459 Sto-Mir-459 Tni-Mir-459 Xla-Mir-459-P1 Xla-Mir-459-P2 Xtr-Mir-459 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017713645.1: 50777071-50777131 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAUACAAUGGCAUAUUGUUGUUUCUUGCAAUCAGUAACAAGGAUUCAUCUCUGUAUUGUGUGAAGAACAGAGAGAGUCUUUGUAACUAAGUGCAAGUAAUAGCCAUUCAACGCGGGACCCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAUACAAUGGCAUAUUG--| U AUC A A AUUGU UUGUU CUUGCA AGU ACAAGGAUUC UCUCUGU G GAUAA GAACGU UCA UGUUUCUGAG AGAGACA U ACCCAGGGCGCAACUUACC^ U GAA A - AGAAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ami-Mir-459_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0038291 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAGUAACAAGGAUUCAUCUCUGU -24
Get sequence
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| Star sequence | Ami-Mir-459_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AGAGAGAGUCUUUGUAACUAAGU -61
Get sequence
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