| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmu-Mir-17-P1a Mmu-Mir-17-P1c Mmu-Mir-17-P1d Mmu-Mir-17-P2a Mmu-Mir-17-P2c Mmu-Mir-17-P4a Mmu-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-17-P4d Bta-Mir-17-P4d Cfa-Mir-17-P4d Cja-Mir-17-P4d Cmi-Mir-17-P4d Cpi-Mir-17-P4d Cpo-Mir-17-P4d Dno-Mir-17-P4d Dre-Mir-17-P4d Eca-Mir-17-P4d Ete-Mir-17-P4d Gmo-Mir-17-P4d Hsa-Mir-17-P4d Laf-Mir-17-P4d Lch-Mir-17-P4d Loc-Mir-17-P4d Mal-Mir-17-P4d Mdo-Mir-17-P4d Mml-Mir-17-P4d Mmr-Mir-17-P4d Mun-Mir-17-P4d Ocu-Mir-17-P4d Pab-Mir-17-P4d Rno-Mir-17-P4d Sha-Mir-17-P4d Tni-Mir-17-P4d Xla-Mir-17-P4d3 Xla-Mir-17-P4d4 Xtr-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr5: 138165535-138165596 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P4d) |
Mir-92-P2d
chr5: 138165332-138165391 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P4d chr5: 138165535-138165596 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1d chr5: 138165746-138165807 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCCCUCUUGGACCUUAGUCAUGGGGGCUCCAAAGUGCUGUUCGUGCAGGUAGUGUAAUUACCUGACCUACUGCUGAGCUAGCACUUCCCGAGCCCCCAGGACACAACCUCUGAUAGUGGCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCCCCUCUUGGACCUUA-- A CA- -| U G UGUAAU GUC UGGGGGCUC AAGUGCU GUUCG GCAG UAG U CAG ACCCCCGAG UUCACGA CGAGU CGUC AUC A CCGGUGAUAGUCUCCAACA G CCC U^ - - CAGUCC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Mir-17-P4d_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0000540 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAAGUGCUGUUCGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000540 TargetScanVert: mmu-miR-93-5p miRDB: MIMAT0000540 |
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| Star sequence | Mmu-Mir-17-P4d_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0004636 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- ACUGCUGAGCUAGCACUUCCCGA -62
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004636 TargetScanVert: mmu-miR-93-3p miRDB: MIMAT0004636 |
