MirGeneDB ID | Cpo-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-17-P1a Cpo-Mir-17-P1c Cpo-Mir-17-P1d Cpo-Mir-17-P2a Cpo-Mir-17-P2c Cpo-Mir-17-P4a Cpo-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-17-P4d Bta-Mir-17-P4d Cfa-Mir-17-P4d Cmi-Mir-17-P4d Cpi-Mir-17-P4d Dno-Mir-17-P4d Dre-Mir-17-P4d Ete-Mir-17-P4d Gmo-Mir-17-P4d Hsa-Mir-17-P4d Lch-Mir-17-P4d Loc-Mir-17-P4d Mal-Mir-17-P4d Mdo-Mir-17-P4d Mml-Mir-17-P4d Mmu-Mir-17-P4d Mun-Mir-17-P4d Ocu-Mir-17-P4d Rno-Mir-17-P4d Sha-Mir-17-P4d Tni-Mir-17-P4d Xla-Mir-17-P4d3 Xla-Mir-17-P4d4 Xtr-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_30: 4036154-4036215 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P4d) |
Mir-17-P1d
scaffold_30: 4035937-4035998 [+]
UCSC
Mir-17-P4d scaffold_30: 4036154-4036215 [+] UCSC Mir-92-P2d scaffold_30: 4036356-4036415 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCAUCUCUUGGACCUUCGUCAUGGGGGCUCCAAAGUGCUGUUCGUGCAGGUAGUGUGAUUACCUGACCUACUGCUGAGCUAGCACUUCCCGAGCCCCCAGGACACAGCCUCUCCCAGUUGCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UCAUCUCUUGGACCUUC-- A CA- -| U G UGUGAU GUC UGGGGGCUC AAGUGCU GUUCG GCAG UAG U CAG ACCCCCGAG UUCACGA CGAGU CGUC AUC A CCGUUGACCCUCUCCGACA G CCC U^ - - CAGUCC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-17-P4d_5p |
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mirBase accession | MIMAT0046933 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAAAGUGCUGUUCGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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Star sequence | Cpo-Mir-17-P4d_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0046934 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- ACUGCUGAGCUAGCACUUCCCGA -62
Get sequence
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