| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-135-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-135 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-135b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmu-Mir-135-P1 Mmu-Mir-135-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-135-P4 Ami-Mir-135-P4 Bta-Mir-135-P4 Cfa-Mir-135-P4 Cja-Mir-135-P4 Cli-Mir-135-P4 Cmi-Mir-135-P4 Cpi-Mir-135-P4 Cpo-Mir-135-P4 Dno-Mir-135-P4 Dre-Mir-135-P4a Dre-Mir-135-P4b Eca-Mir-135-P4 Ete-Mir-135-P4 Gga-Mir-135-P4 Gja-Mir-135-P4 Gmo-Mir-135-P4a Gmo-Mir-135-P4b Hsa-Mir-135-P4 Laf-Mir-135-P4 Lch-Mir-135-P4 Loc-Mir-135-P4 Mal-Mir-135-P4a Mal-Mir-135-P4b Mdo-Mir-135-P4 Mml-Mir-135-P4 Mmr-Mir-135-P4 Mun-Mir-135-P4 Neu-Mir-135-P4 Oan-Mir-135-P4 Ocu-Mir-135-P4 Pab-Mir-135-P4 Pbv-Mir-135-P4 Rno-Mir-135-P4 Sha-Mir-135-P4 Spt-Mir-135-P4 Sto-Mir-135-P4 Tgu-Mir-135-P4 Tni-Mir-135-P4a Tni-Mir-135-P4b Xla-Mir-135-P4 Xtr-Mir-135-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr1: 132198103-132198163 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCACUGGACCCCUCCGCUCUGCUGUGGCCUAUGGCUUUUCAUUCCUAUGUGAUUGCUGCUCCGAACUCAUGUAGGGCUAAAAGCCAUGGGCUACAGUGAGGGGCAAGCUCCUGCACAGCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCACUGGACCCCUCCG- -| CAU UUGCUG CUCU GCUGUGGCCUAUGGCUUUU UCCUAUGUGA C GGGA UGACAUCGGGUACCGAAAA GGGAUGUACU U UCGACACGUCCUCGAACG G^ UC- CAAGCC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Mir-135-P4_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0000612 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUGGCUUUUCAUUCCUAUGUGA -23
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000612 TargetScanVert: mmu-miR-135b-5p miRDB: MIMAT0000612 |
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| Star sequence | Mmu-Mir-135-P4_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0017044 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUGUAGGGCUAAAAGCCAUGGG -61
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-135b-3p miRDB: MIMAT0017044 |
