| MirGeneDB ID | Gga-Mir-135-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-135 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gga-mir-135a-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gga-Mir-135-P1 Gga-Mir-135-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-135-P4 Ami-Mir-135-P4 Bta-Mir-135-P4 Cfa-Mir-135-P4 Cja-Mir-135-P4 Cli-Mir-135-P4 Cmi-Mir-135-P4 Cpi-Mir-135-P4 Cpo-Mir-135-P4 Dno-Mir-135-P4 Dre-Mir-135-P4a Dre-Mir-135-P4b Eca-Mir-135-P4 Ete-Mir-135-P4 Gja-Mir-135-P4 Gmo-Mir-135-P4a Gmo-Mir-135-P4b Hsa-Mir-135-P4 Laf-Mir-135-P4 Lch-Mir-135-P4 Loc-Mir-135-P4 Mal-Mir-135-P4a Mal-Mir-135-P4b Mdo-Mir-135-P4 Mml-Mir-135-P4 Mmr-Mir-135-P4 Mmu-Mir-135-P4 Mun-Mir-135-P4 Neu-Mir-135-P4 Oan-Mir-135-P4 Ocu-Mir-135-P4 Pab-Mir-135-P4 Pbv-Mir-135-P4 Rno-Mir-135-P4 Sha-Mir-135-P4 Spt-Mir-135-P4 Sto-Mir-135-P4 Tgu-Mir-135-P4 Tni-Mir-135-P4a Tni-Mir-135-P4b Xla-Mir-135-P4 Xtr-Mir-135-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
26: 2124466-2124526 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUAUCCUCGGUAAGCCCUCUGCUGUGGUCUAUGGCUUUUUAUUCCUAUGUGAUUGCUUUUCCUAACUCAUGUAGGGCGAAAAGCCAUGGGCUACUCAGGGGAGGGACUCCACCUUCCAGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUUAUCCUCGGUAAGCC---| CU AU UUGCUU CUCUG GUGGUCUAUGGCUUUUU UCCUAUGUGA U GGGAC CAUCGGGUACCGAAAAG GGGAUGUACU U GGACCUUCCACCUCAGGGAG^ U- C- CAAUCC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gga-Mir-135-P4_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0001099 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUGGCUUUUUAUUCCUAUGUGA -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-135a-5p miRDB: MIMAT0001099 |
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| Star sequence | Gga-Mir-135-P4_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0031038 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUGUAGGGCGAAAAGCCAUGGG -61
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-135a-3-3p miRDB: MIMAT0031038 |
