| MirGeneDB ID | Cja-Mir-135-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-135 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cja-Mir-135-P1 Cja-Mir-135-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-135-P4 Ami-Mir-135-P4 Bta-Mir-135-P4 Cfa-Mir-135-P4 Cli-Mir-135-P4 Cmi-Mir-135-P4 Cpi-Mir-135-P4 Cpo-Mir-135-P4 Dno-Mir-135-P4 Dre-Mir-135-P4a Dre-Mir-135-P4b Eca-Mir-135-P4 Ete-Mir-135-P4 Gga-Mir-135-P4 Gja-Mir-135-P4 Gmo-Mir-135-P4a Gmo-Mir-135-P4b Hsa-Mir-135-P4 Laf-Mir-135-P4 Lch-Mir-135-P4 Loc-Mir-135-P4 Mal-Mir-135-P4a Mal-Mir-135-P4b Mdo-Mir-135-P4 Mml-Mir-135-P4 Mmr-Mir-135-P4 Mmu-Mir-135-P4 Mun-Mir-135-P4 Neu-Mir-135-P4 Oan-Mir-135-P4 Ocu-Mir-135-P4 Pab-Mir-135-P4 Pbv-Mir-135-P4 Rno-Mir-135-P4 Sha-Mir-135-P4 Spt-Mir-135-P4 Sto-Mir-135-P4 Tgu-Mir-135-P4 Tni-Mir-135-P4a Tni-Mir-135-P4b Xla-Mir-135-P4 Xtr-Mir-135-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021933.1: 29167548-29167608 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCGCUGGACCCCUCCACUCUGCUGUGGCCUAUGGCUUUUCAUUCCUAUGUGAUUGCUGUCCCAAACUCAUGUAGGGCUAAAAGCCAUGGGCUACAGUGAGGGGCAAGCUCCUUCUCCUGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCGCUGGACCCCUCCA- -| CAU UUGCUG CUCU GCUGUGGCCUAUGGCUUUU UCCUAUGUGA U GGGA UGACAUCGGGUACCGAAAA GGGAUGUACU C CGUCCUCUUCCUCGAACG G^ UC- CAAACC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cja-Mir-135-P4_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUGGCUUUUCAUUCCUAUGUGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Cja-Mir-135-P4_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUGUAGGGCUAAAAGCCAUGGG -61
Get sequence
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