| MirGeneDB ID | Mal-Mir-135-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-135 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-135-P1 Mal-Mir-135-P2a Mal-Mir-135-P2b Mal-Mir-135-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-135-P4 Ami-Mir-135-P4 Bta-Mir-135-P4 Cfa-Mir-135-P4 Cja-Mir-135-P4 Cli-Mir-135-P4 Cmi-Mir-135-P4 Cpi-Mir-135-P4 Cpo-Mir-135-P4 Dno-Mir-135-P4 Dre-Mir-135-P4b Eca-Mir-135-P4 Ete-Mir-135-P4 Gga-Mir-135-P4 Gja-Mir-135-P4 Gmo-Mir-135-P4b Hsa-Mir-135-P4 Laf-Mir-135-P4 Lch-Mir-135-P4 Loc-Mir-135-P4 Mdo-Mir-135-P4 Mml-Mir-135-P4 Mmr-Mir-135-P4 Mmu-Mir-135-P4 Mun-Mir-135-P4 Neu-Mir-135-P4 Oan-Mir-135-P4 Ocu-Mir-135-P4 Pab-Mir-135-P4 Pbv-Mir-135-P4 Rno-Mir-135-P4 Sha-Mir-135-P4 Spt-Mir-135-P4 Sto-Mir-135-P4 Tgu-Mir-135-P4 Tni-Mir-135-P4b Xla-Mir-135-P4 Xtr-Mir-135-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884806.1: 367986-368047 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUCUUCCAAAUCAAACCACACUUGUGUCUUAUGGCUUUCUAUUCCUAUGUGAAUUCUUUCUAACAUGUCAUGUAGGGUUUAAAGCCAUUGGAUACAACAUGGAAAAUCAACCUUUGUUUUUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGUCUUCCAAAUCAAACCA- C-| U CUAU AUUCUUU CA UUGUGUCU AUGGCUUU UCCUAUGUGA \ GU AACAUAGG UACCGAAA GGGAUGUACU C UUUUUGUUUCCAACUAAAAG AC^ U UUU- GUACAAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mal-Mir-135-P4b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUGGCUUUCUAUUCCUAUGUGA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mal-Mir-135-P4b_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AUGUAGGGUUUAAAGCCAUUGG -62
Get sequence
|
