| MirGeneDB ID | Tni-Mir-135-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-135 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-135-P1 Tni-Mir-135-P2a Tni-Mir-135-P2b Tni-Mir-135-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-135-P4 Ami-Mir-135-P4 Bta-Mir-135-P4 Cfa-Mir-135-P4 Cja-Mir-135-P4 Cli-Mir-135-P4 Cmi-Mir-135-P4 Cpi-Mir-135-P4 Cpo-Mir-135-P4 Dno-Mir-135-P4 Dre-Mir-135-P4b Eca-Mir-135-P4 Ete-Mir-135-P4 Gga-Mir-135-P4 Gja-Mir-135-P4 Gmo-Mir-135-P4b Hsa-Mir-135-P4 Laf-Mir-135-P4 Lch-Mir-135-P4 Loc-Mir-135-P4 Mal-Mir-135-P4b Mdo-Mir-135-P4 Mml-Mir-135-P4 Mmr-Mir-135-P4 Mmu-Mir-135-P4 Mun-Mir-135-P4 Neu-Mir-135-P4 Oan-Mir-135-P4 Ocu-Mir-135-P4 Pab-Mir-135-P4 Pbv-Mir-135-P4 Rno-Mir-135-P4 Sha-Mir-135-P4 Spt-Mir-135-P4 Sto-Mir-135-P4 Tgu-Mir-135-P4 Xla-Mir-135-P4 Xtr-Mir-135-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
9: 8239055-8239116 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGAUUUCCAUUUAAACCACGAUUGUGUCUUAUGGCUUUCUAUUCCUAUGUGAGUUAUUUACAGCAGGUCAUGUAGGGUUUAAAGCCAUUGGACACGCGGUGGGCAAACAACAUCAGGACCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGAUUUCCAUUUAAAC---| GAU U CUAU GUUAUUU CAC UGUGUCU AUGGCUUU UCCUAUGUGA \ GUG GCACAGG UACCGAAA GGGAUGUACU A GCCAGGACUACAACAAACGG^ GC- U UUU- GGACGAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tni-Mir-135-P4b_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUGGCUUUCUAUUCCUAUGUGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Tni-Mir-135-P4b_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AUGUAGGGUUUAAAGCCAUUGG -62
Get sequence
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