| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-135-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-135 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-135-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-135-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-135-P4 Ami-Mir-135-P4 Bta-Mir-135-P4 Cfa-Mir-135-P4 Cja-Mir-135-P4 Cli-Mir-135-P4 Cmi-Mir-135-P4 Cpi-Mir-135-P4 Cpo-Mir-135-P4 Dno-Mir-135-P4 Dre-Mir-135-P4a Dre-Mir-135-P4b Eca-Mir-135-P4 Ete-Mir-135-P4 Gga-Mir-135-P4 Gja-Mir-135-P4 Gmo-Mir-135-P4a Gmo-Mir-135-P4b Hsa-Mir-135-P4 Laf-Mir-135-P4 Lch-Mir-135-P4 Loc-Mir-135-P4 Mal-Mir-135-P4a Mal-Mir-135-P4b Mdo-Mir-135-P4 Mml-Mir-135-P4 Mmr-Mir-135-P4 Mmu-Mir-135-P4 Mun-Mir-135-P4 Neu-Mir-135-P4 Oan-Mir-135-P4 Ocu-Mir-135-P4 Pab-Mir-135-P4 Pbv-Mir-135-P4 Rno-Mir-135-P4 Sha-Mir-135-P4 Spt-Mir-135-P4 Sto-Mir-135-P4 Tgu-Mir-135-P4 Tni-Mir-135-P4a Tni-Mir-135-P4b Xla-Mir-135-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr2: 64757303-64757362 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUUAUAAAAGUAUUCCCCCUGCUGAGGUAUAUGGCUUUUUAUUCCUAUGUGAUUGCUUUCCUAAUUCACAUAGGGCAGAAAGCCAUGUGCUGCACAGGGGACAAGCGUCUCUGUAUGUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCUUAUAAAAGUAUUCC---| C A AU UUGCUU CCCUG UG GGUAUAUGGCUUUUU UCCUAUGUGA \ GGGAC AC UCGUGUACCGAAAGA GGGAUACACU U UUGUAUGUCUCUGCGAACAG^ - G C- UAAUCC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Mir-135-P4_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003598 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUGGCUUUUUAUUCCUAUGUGA -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-135 |
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| Star sequence | Xtr-Mir-135-P4_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- ACAUAGGGCAGAAAGCCAUGUG -60
Get sequence
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