| MirGeneDB ID | Mal-Mir-135-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-135 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-135-P1 Mal-Mir-135-P2a Mal-Mir-135-P4a Mal-Mir-135-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-135-P2 Ami-Mir-135-P2 Bta-Mir-135-P2 Cfa-Mir-135-P2 Cja-Mir-135-P2 Cli-Mir-135-P2 Cmi-Mir-135-P2 Cpi-Mir-135-P2 Cpo-Mir-135-P2 Dno-Mir-135-P2 Eca-Mir-135-P2 Ete-Mir-135-P2 Gga-Mir-135-P2 Gja-Mir-135-P2 Gmo-Mir-135-P2b Hsa-Mir-135-P2 Laf-Mir-135-P2 Lch-Mir-135-P2 Loc-Mir-135-P2 Mdo-Mir-135-P2 Mml-Mir-135-P2 Mmr-Mir-135-P2 Mmu-Mir-135-P2 Mun-Mir-135-P2 Neu-Mir-135-P2 Oan-Mir-135-P2 Ocu-Mir-135-P2 Pab-Mir-135-P2 Pbv-Mir-135-P2 Pma-Mir-135-o2 Rno-Mir-135-P2 Sha-Mir-135-P2 Spt-Mir-135-P2 Sto-Mir-135-P2 Tgu-Mir-135-P2 Tni-Mir-135-P2b Xtr-Mir-135-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884729.1: 4420321-4420379 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUCCCUCCUGUGAGAUUGCUGUUGUGUCUUAUGGCUUUUUAUUCCUACGUGAUGGUAGAUGGGUUCAUGUAGGAGUAGAAGCCACUAAACACGCGGUGAGUGCUCAACGCGCUGGCCAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CUUCCCUCCUGUGAGAUU---| U C - U UGGUA GCUGU GUGU UUA UGGCUUUU AUUCCUACGUGA G UGGCG CACA AAU ACCGAAGA UGAGGAUGUACU A ACCGGUCGCGCAACUCGUGAG^ - - C - UGGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mal-Mir-135-P2b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUGGCUUUUUAUUCCUACGUGA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mal-Mir-135-P2b_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AUGUAGGAGUAGAAGCCACUAA -59
Get sequence
|
