| MirGeneDB ID | Gga-Mir-135-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-135 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gga-mir-135a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gga-Mir-135-P1 Gga-Mir-135-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-135-P2 Ami-Mir-135-P2 Bta-Mir-135-P2 Cfa-Mir-135-P2 Cja-Mir-135-P2 Cli-Mir-135-P2 Cmi-Mir-135-P2 Cpi-Mir-135-P2 Cpo-Mir-135-P2 Dno-Mir-135-P2 Dre-Mir-135-P2a Eca-Mir-135-P2 Ete-Mir-135-P2 Gja-Mir-135-P2 Gmo-Mir-135-P2a Gmo-Mir-135-P2b Hsa-Mir-135-P2 Laf-Mir-135-P2 Lch-Mir-135-P2 Loc-Mir-135-P2 Mal-Mir-135-P2a Mal-Mir-135-P2b Mdo-Mir-135-P2 Mml-Mir-135-P2 Mmr-Mir-135-P2 Mmu-Mir-135-P2 Mun-Mir-135-P2 Neu-Mir-135-P2 Oan-Mir-135-P2 Ocu-Mir-135-P2 Pab-Mir-135-P2 Pbv-Mir-135-P2 Pma-Mir-135-o2 Rno-Mir-135-P2 Sha-Mir-135-P2 Spt-Mir-135-P2 Sto-Mir-135-P2 Tgu-Mir-135-P2 Tni-Mir-135-P2a Tni-Mir-135-P2b Xla-Mir-135-P2c Xla-Mir-135-P2d Xtr-Mir-135-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
1: 46333921-46333980 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUGAUCAAGAUAAAUUCACUCUAGUGUUUUAUGGCUUUUUAUUCCUAUGUGAUAGUAAUAAAGUCUCAUGUAGGGAUGGAAGCCAUGAAAUACAUUGUGAAAAAUCAUCAACUCAGAUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCUGAUCAAGAUAAAUU---| UCUA U UAGUAA CAC GUGUUUUAUGGCUUUU AUUCCUAUGUGA \ GUG CAUAAAGUACCGAAGG UAGGGAUGUACU U GUAGACUCAACUACUAAAAA^ UUA- - CUGAAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gga-Mir-135-P2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0001099 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUGGCUUUUUAUUCCUAUGUGA -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-135a-5p miRDB: MIMAT0001099 |
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| Star sequence | Gga-Mir-135-P2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0026489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AUGUAGGGAUGGAAGCCAUGAA -60
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-135a-2-3p miRDB: MIMAT0026489 |
