| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-135-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-135 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-135a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-135-P1 Cpo-Mir-135-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-135-P2 Ami-Mir-135-P2 Bta-Mir-135-P2 Cfa-Mir-135-P2 Cja-Mir-135-P2 Cli-Mir-135-P2 Cmi-Mir-135-P2 Cpi-Mir-135-P2 Dno-Mir-135-P2 Dre-Mir-135-P2a Eca-Mir-135-P2 Ete-Mir-135-P2 Gga-Mir-135-P2 Gja-Mir-135-P2 Gmo-Mir-135-P2a Gmo-Mir-135-P2b Hsa-Mir-135-P2 Laf-Mir-135-P2 Lch-Mir-135-P2 Loc-Mir-135-P2 Mal-Mir-135-P2a Mal-Mir-135-P2b Mdo-Mir-135-P2 Mml-Mir-135-P2 Mmr-Mir-135-P2 Mmu-Mir-135-P2 Mun-Mir-135-P2 Neu-Mir-135-P2 Oan-Mir-135-P2 Ocu-Mir-135-P2 Pab-Mir-135-P2 Pbv-Mir-135-P2 Pma-Mir-135-o2 Rno-Mir-135-P2 Sha-Mir-135-P2 Spt-Mir-135-P2 Sto-Mir-135-P2 Tgu-Mir-135-P2 Tni-Mir-135-P2a Tni-Mir-135-P2b Xla-Mir-135-P2c Xla-Mir-135-P2d Xtr-Mir-135-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_9: 4516695-4516754 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUGGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCGACCAAGAUAAAUUCACUCUAGUGCUUUAUGGCUUUUUAUUCCUAUGUGAUAGUAAUAAAGUCUCAUGUAGGGAUGGAAGCCAUGAAAUACAUUGUGAAAAAUCAUCAACUCAGAAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCCGACCAAGAUAAAUU---| UCUA C U UAGUAA CAC GUG UUUAUGGCUUUU AUUCCUAUGUGA \ GUG CAU AAGUACCGAAGG UAGGGAUGUACU U GAAGACUCAACUACUAAAAA^ UUA- A - CUGAAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut -1 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-135-P2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0046992 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUGGCUUUUUAUUCCUAUGUGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Cpo-Mir-135-P2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0046994 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AUGUAGGGAUGGAAGCCAUGAA -60
Get sequence
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