MirGeneDB ID | Pma-Mir-135-o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-135 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pma-mir-135b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pma-Mir-135-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-135-P2 Ami-Mir-135-P2 Bta-Mir-135-P2 Cfa-Mir-135-P2 Cja-Mir-135-P2 Cli-Mir-135-P2 Cmi-Mir-135-P2 Cpi-Mir-135-P2 Cpo-Mir-135-P2 Dno-Mir-135-P2 Dre-Mir-135-P2a Eca-Mir-135-P2 Ete-Mir-135-P2 Gga-Mir-135-P2 Gja-Mir-135-P2 Gmo-Mir-135-P2a Gmo-Mir-135-P2b Hsa-Mir-135-P2 Laf-Mir-135-P2 Lch-Mir-135-P2 Loc-Mir-135-P2 Mal-Mir-135-P2a Mal-Mir-135-P2b Mdo-Mir-135-P2 Mml-Mir-135-P2 Mmr-Mir-135-P2 Mmu-Mir-135-P2 Mun-Mir-135-P2 Neu-Mir-135-P2 Oan-Mir-135-P2 Ocu-Mir-135-P2 Pab-Mir-135-P2 Pbv-Mir-135-P2 Rno-Mir-135-P2 Sha-Mir-135-P2 Spt-Mir-135-P2 Sto-Mir-135-P2 Tgu-Mir-135-P2 Tni-Mir-135-P2a Tni-Mir-135-P2b Xla-Mir-135-P2c Xla-Mir-135-P2d Xtr-Mir-135-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046098.1: 7520135-7520200 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAUUCCCUCGGGCCUUCCUCCCCGCGUUGUAUGGCUUUUUAUUCCUACGUGAUCGUAACGCACGCUGAGCCUCAUGUAGGGAGGAAAGCCAUGCAACGACGGGUGGACUUGCAGCAGCGGUGGCGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 GCAUUCCCUCGGGCCUUC- UC -| A UCGUAACGC C CCCG CGUUGUAUGGCUUUUU UUCCUACGUGA \ G GGGC GCAACGUACCGAAAGG AGGGAUGUACU A GCGGUGGCGACGACGUUCA GU A^ - CCGAGUCGC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pma-Mir-135-o2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0019465 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAUGGCUUUUUAUUCCUACGUGA -23
Get sequence
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Star sequence | Pma-Mir-135-o2_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
44- AUGUAGGGAGGAAAGCCAUGCA -66
Get sequence
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