MirGeneDB ID | Pma-Mir-135-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-135 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pma-mir-135a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pma-Mir-135-o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-135-P1 Ami-Mir-135-P1 Bta-Mir-135-P1 Cfa-Mir-135-P1 Cja-Mir-135-P1 Cli-Mir-135-P1 Cmi-Mir-135-P1 Cpi-Mir-135-P1 Cpo-Mir-135-P1 Dno-Mir-135-P1 Dre-Mir-135-P1 Eca-Mir-135-P1 Ete-Mir-135-P1 Gga-Mir-135-P1 Gja-Mir-135-P1 Gmo-Mir-135-P1 Hsa-Mir-135-P1 Laf-Mir-135-P1 Lch-Mir-135-P1 Loc-Mir-135-P1 Mal-Mir-135-P1 Mml-Mir-135-P1 Mmr-Mir-135-P1 Mmu-Mir-135-P1 Mun-Mir-135-P1 Oan-Mir-135-P1 Ocu-Mir-135-P1 Pab-Mir-135-P1 Pbv-Mir-135-P1 Rno-Mir-135-P1 Spt-Mir-135-P1 Sto-Mir-135-P1 Tgu-Mir-135-P1 Tni-Mir-135-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046082.1: 3812001-3812061 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGCAGCGGUAUAAAAUUGUAUCUGUGCUUUAUGGCUUUUUAUUCCUAUGUGAUUGCUUCUGUAACCUCGCGUAGGGGUGAAAGCCAUGGAACACGGUGCAAAUUCUCUAUCCCGAGACCCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGCAGCGGUAUAAAAU---| U C U UUGCUU UGUA CUGUG UUUAUGGCUUUU AUUCCUAUGUGA C ACGU GGCAC AGGUACCGAAAG UGGGGAUGCGCU U CCCAGAGCCCUAUCUCUUAA^ - A - CCAAUG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pma-Mir-135-o1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0019463 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAUGGCUUUUUAUUCCUAUGUGA -23
Get sequence
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Star sequence | Pma-Mir-135-o1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0019464 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- GCGUAGGGGUGAAAGCCAUGGA -61
Get sequence
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