| MirGeneDB ID | Ete-Mir-135-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-135 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ete-Mir-135-P2 Ete-Mir-135-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-135-P1 Ami-Mir-135-P1 Bta-Mir-135-P1 Cfa-Mir-135-P1 Cja-Mir-135-P1 Cli-Mir-135-P1 Cmi-Mir-135-P1 Cpi-Mir-135-P1 Cpo-Mir-135-P1 Dno-Mir-135-P1 Dre-Mir-135-P1 Eca-Mir-135-P1 Gga-Mir-135-P1 Gja-Mir-135-P1 Gmo-Mir-135-P1 Hsa-Mir-135-P1 Laf-Mir-135-P1 Lch-Mir-135-P1 Loc-Mir-135-P1 Mal-Mir-135-P1 Mml-Mir-135-P1 Mmr-Mir-135-P1 Mmu-Mir-135-P1 Mun-Mir-135-P1 Oan-Mir-135-P1 Ocu-Mir-135-P1 Pab-Mir-135-P1 Pbv-Mir-135-P1 Pma-Mir-135-o1 Rno-Mir-135-P1 Spt-Mir-135-P1 Sto-Mir-135-P1 Tgu-Mir-135-P1 Tni-Mir-135-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (echTel2) |
JH980390: 4724832-4724890 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-135-P1) |
Let-7-P2c3
JH980390: 4685094-4685171 [-]
UCSC
Mir-135-P1 JH980390: 4724832-4724890 [-] UCSC |
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| Seed | AUGGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGGCGGCAGCGCCAGGCCUCGCUGCUCUCUAUGGCUUUUCAUUCCUAUGUGAUUCUAUGGUCACUCACAUAGGGAUGGGAGCCGUGGCGGACGGUGGGGGCAGCCGGCGGACGGCACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCGGCGGCAGCGCCAGG--| CU U U UU UUCUA CCUCGCUG C CUAUGGC U CAUUCCUAUGUGA U GGGGUGGC G GGUGCCG A GUAGGGAUACACU G CCACGGCAGGCGGCCGACG^ AG C - GG CACUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ete-Mir-135-P1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUGGCUUUUCAUUCCUAUGUGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Ete-Mir-135-P1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- ACAUAGGGAUGGGAGCCGUGGC -59
Get sequence
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