| MirGeneDB ID | Lpo-Mir-315-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-315 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Atlantic horseshoe crab (Limulus polyphemus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lpo-Mir-315-P3 Lpo-Mir-315-P4 Lpo-Mir-315-P5 Lpo-Mir-315-P6-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-315 Aga-Mir-315 Agr-Mir-315 Bge-Mir-315 Bko-Mir-315 Bpl-Mir-315 Cbr-Mir-315 Cel-Mir-315 Csc-Mir-315 Cte-Mir-315 Dan-Mir-315 Dlo-Mir-315 Dma-Mir-315 Dme-Mir-315 Dmo-Mir-315 Dpu-Mir-315 Dsi-Mir-315 Dya-Mir-315 Eba-Mir-315 Efe-Mir-315 Esc-Mir-315 Gpa-Mir-315 Gsp-Mir-315 Hru-Mir-315 Isc-Mir-315 Lan-Mir-315 Lgi-Mir-315 Lhy-Mir-315 Llo-Mir-315 Mom-Mir-315 Nag-Mir-315 Npo-Mir-315 Obi-Mir-315 Ofu-Mir-315 Ovu-Mir-315 Pau-Mir-315 Pca-Mir-315 Pcr-Mir-315 Pdu-Mir-315 Pfl-Mir-315 Pma-Mir-315 Pve-Mir-315 Rph-Mir-315 Sko-Mir-315 Sme-Mir-315 Sne-Mir-315 Snu-Mir-315 Tca-Mir-315 Tur-Mir-315 War-Mir-315 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. polyphemus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000517525.1_Limulus_polyphemus-2.1.2_genomic) |
NW_013673982.1: 2298-2353 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-315-P6-v2) |
Mir-315-P6-v1
NW_013673982.1: 2297-2354 [-]
Ensembl
Mir-315-P6-v2 NW_013673982.1: 2298-2353 [-] Ensembl |
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| Variant | Lpo-Mir-315-P6-v2 |
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| Seed | UUGAUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUAUUAAGAAAUACUUUGUCUUCUCGCCUUUUGAUUGUUGCUCAGAAUGCGUGGGUUUGUCAGGCUUUCGAGCAAUGAUCAAACGCUGAGGAGAUCUAGUUUCAUCCAGUACCAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CUUAUUAAGAAAUACUUU-- -| CU UG A U G GGGU GUCUUCUC GC UUUGAU UUGCUC GAA GC U \ UAGAGGAG CG AAACUA AACGAG CUU CG A U GACCAUGACCUACUUUGAUC U^ C- GU - U G CUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Lpo-Mir-315-P6-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUGAUUGUUGCUCAGAAUGCGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Lpo-Mir-315-P6-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- GCUUUCGAGCAAUGAUCAAACG -56
Get sequence
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| Variant | Lpo-Mir-315-P6-v1 |
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| Seed | UUUGAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUUAUUAAGAAAUACUUUGUCUUCUCGCCUUUUGAUUGUUGCUCAGAAUGCGUGGGUUUGUCAGGCUUUCGAGCAAUGAUCAAACGCUGAGGAGAUCUAGUUUCAUCCAGUACCAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCUUAUUAAGAAAUACUUU-- -| CU UG A U GUGGGU GUCUUCUC GC UUUGAU UUGCUC GAA GC \ UAGAGGAG CG AAACUA AACGAG CUU CG U CGACCAUGACCUACUUUGAUC U^ C- GU - U GACUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Lpo-Mir-315-P6-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUUGAUUGUUGCUCAGAAUGCG -23
Get sequence
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| Star sequence | Lpo-Mir-315-P6-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CUUUCGAGCAAUGAUCAAACGC -58
Get sequence
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