| MirGeneDB ID | Gga-Mir-124-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-124 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gga-mir-124a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gga-Mir-124-P1-v1 Gga-Mir-124-P2-v1 Gga-Mir-124-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-124 Aca-Mir-124-P3-v1 Aga-Mir-124 Agr-Mir-124 Ami-Mir-124-P3-v1 Asu-Mir-124 Bfl-Mir-124 Bge-Mir-124 Bko-Mir-124 Bla-Mir-124 Bpl-Mir-124 Bta-Mir-124-P3-v1 Cel-Mir-124 Cfa-Mir-124-P3-v1 Cja-Mir-124-P3-v1 Cli-Mir-124-P3-v1 Cmi-Mir-124-P3-v1 Cpi-Mir-124-P3-v1 Cpo-Mir-124-P3-v1 Cte-Mir-124 Dan-Mir-124 Dlo-Mir-124 Dma-Mir-124 Dme-Mir-124 Dmo-Mir-124 Dno-Mir-124-P3-v1 Dpu-Mir-124 Dre-Mir-124-P3a-v1 Dre-Mir-124-P3b-v1 Dsi-Mir-124 Dya-Mir-124 Eba-Mir-124 Eca-Mir-124-P3-v1 Esc-Mir-124 Gja-Mir-124-P3-v1 Gmo-Mir-124-P3a-v1 Gmo-Mir-124-P3b-v1 Gpa-Mir-124 Gsp-Mir-124 Hme-Mir-124 Hru-Mir-124 Hsa-Mir-124-P3-v1 Isc-Mir-124 Laf-Mir-124-P3-v1 Lan-Mir-124 Lch-Mir-124-P3 Lhy-Mir-124 Llo-Mir-124 Loc-Mir-124-P3-v1 Mal-Mir-124-P3a-v1 Mal-Mir-124-P3b-v1 Mdo-Mir-124-P3-v1 Mgi-Mir-124 Mml-Mir-124-P3-v1 Mmr-Mir-124-P3-v1 Mmu-Mir-124-P3-v1 Mom-Mir-124 Mun-Mir-124-P3-v1 Neu-Mir-124-P3-v1 Npo-Mir-124 Oan-Mir-124-P3-v1 Obi-Mir-124 Ocu-Mir-124-P3-v1 Ofu-Mir-124 Ovu-Mir-124 Pab-Mir-124-P3-v1 Pau-Mir-124 Pbv-Mir-124-P3-v1 Pdu-Mir-124 Pfl-Mir-124 Pma-Mir-124-o3 Pmi-Mir-124 Pve-Mir-124 Rno-Mir-124-P3-v1 Sha-Mir-124-P3-v1 Sko-Mir-124 Sma-Mir-124 Sne-Mir-124 Snu-Mir-124 Spt-Mir-124-P3e Spt-Mir-124-P3f Spu-Mir-124 Sro-Mir-124 Sto-Mir-124-P3-v1 Tca-Mir-124 Tgu-Mir-124-P3-v1 War-Mir-124 Xbo-Mir-124 Xla-Mir-124-P3c-v1 Xla-Mir-124-P3d-v1 Xtr-Mir-124-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
20: 8692494-8692553 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-124-P3-v1) |
Mir-124-P3-v1
20: 8692494-8692553 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-124-P3-v2 20: 8692494-8692552 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Gga-Mir-124-P3-v1 |
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| Seed | AAGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCGAGCCGGGCCAGCCCGAGCCUCUCUCUGCGUGUUCACAGCGGACCUUGAUUUAAUGUCCAUACAAUUAAGGCACGCGGUGAAUGCCAAGAGAGGAGCCUCACAGCUUCAUUUUCAUGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCGAGCCGGGCCAGCCC- - CU -| C A GA UUAAUG GA GC CUCUC UG GUGUUCAC GCG CCUUGAU U CU CG GAGAG AC CGUAAGUG CGC GGAAUUA C GGUACUUUUACUUCGACA C AG A^ - G AC ACAUAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gga-Mir-124-P3-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0026511 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUGUUCACAGCGGACCUUGAU -22
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-124a-5p miRDB: MIMAT0026511 |
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| Mature sequence | Gga-Mir-124-P3-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001128 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAAGGCACGCGGUGAAUGCCAA -60
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-124a-3p miRDB: MIMAT0001128 |
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| Variant | Gga-Mir-124-P3-v2 |
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| Seed | UAAGGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCGAGCCGGGCCAGCCCGAGCCUCUCUCUGCGUGUUCACAGCGGACCUUGAUUUAAUGUCCAUACAAUUAAGGCACGCGGUGAAUGCCAAGAGAGGAGCCUCACAGCUUCAUUUUCAUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCGAGCCGGGCCAGCCCGA- CU -| C A GA UAAUG GC CUCUC UG GUGUUCAC GCG CCUUGAUU U CG GAGAG AC CGUAAGUG CGC GGAAUUAA C GUACUUUUACUUCGACACUC AG A^ - G AC CAUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gga-Mir-124-P3-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0026511 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUGUUCACAGCGGACCUUGAUU -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-124a-5p miRDB: MIMAT0026511 |
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| Mature sequence | Gga-Mir-124-P3-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001128 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-124a-3p miRDB: MIMAT0001128 |
