| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-124-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-124 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-124-4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-124-P1a-v1 Gmo-Mir-124-P1b-v1 Gmo-Mir-124-P3a-v1 Gmo-Mir-124-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-124 Aca-Mir-124-P3-v1 Aga-Mir-124 Agr-Mir-124 Ami-Mir-124-P3-v1 Asu-Mir-124 Bfl-Mir-124 Bge-Mir-124 Bko-Mir-124 Bla-Mir-124 Bpl-Mir-124 Bta-Mir-124-P3-v1 Cel-Mir-124 Cfa-Mir-124-P3-v1 Cja-Mir-124-P3-v1 Cli-Mir-124-P3-v1 Cmi-Mir-124-P3-v1 Cpi-Mir-124-P3-v1 Cpo-Mir-124-P3-v1 Cte-Mir-124 Dan-Mir-124 Dlo-Mir-124 Dma-Mir-124 Dme-Mir-124 Dmo-Mir-124 Dno-Mir-124-P3-v1 Dpu-Mir-124 Dre-Mir-124-P3b-v1 Dsi-Mir-124 Dya-Mir-124 Eba-Mir-124 Eca-Mir-124-P3-v1 Esc-Mir-124 Gga-Mir-124-P3-v1 Gja-Mir-124-P3-v1 Gpa-Mir-124 Gsp-Mir-124 Hme-Mir-124 Hru-Mir-124 Hsa-Mir-124-P3-v1 Isc-Mir-124 Laf-Mir-124-P3-v1 Lan-Mir-124 Lch-Mir-124-P3 Lhy-Mir-124 Llo-Mir-124 Loc-Mir-124-P3-v1 Mal-Mir-124-P3b-v1 Mdo-Mir-124-P3-v1 Mgi-Mir-124 Mml-Mir-124-P3-v1 Mmr-Mir-124-P3-v1 Mmu-Mir-124-P3-v1 Mom-Mir-124 Mun-Mir-124-P3-v1 Neu-Mir-124-P3-v1 Npo-Mir-124 Oan-Mir-124-P3-v1 Obi-Mir-124 Ocu-Mir-124-P3-v1 Ofu-Mir-124 Ovu-Mir-124 Pab-Mir-124-P3-v1 Pau-Mir-124 Pbv-Mir-124-P3-v1 Pdu-Mir-124 Pfl-Mir-124 Pma-Mir-124-o3 Pmi-Mir-124 Pve-Mir-124 Rno-Mir-124-P3-v1 Sha-Mir-124-P3-v1 Sko-Mir-124 Sma-Mir-124 Sne-Mir-124 Snu-Mir-124 Spu-Mir-124 Sro-Mir-124 Sto-Mir-124-P3-v1 Tca-Mir-124 Tgu-Mir-124-P3-v1 War-Mir-124 Xbo-Mir-124 Xtr-Mir-124-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_1609: 326970-327030 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-124-P3b-v1) |
Mir-124-P3b-v1
GeneScaffold_1609: 326970-327030 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-124-P3b-v2 GeneScaffold_1609: 326970-327029 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Gmo-Mir-124-P3b-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGAAUACAACGGAAGGGAUUGCCACUCCUUGUGUUCACAGCGGACCUUGAUUUAAUACCCAAUACAAUUAAGGCACGCGGUGAAUGCCAAGAGAGGGGUCCUCUGCGGCAUUGUCAACGAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUGAAUACAACGGAAGGGAUU A - -| A GA UUAAUAC GCC CUC CUU GUGUUCAC GCG CCUUGAU \ UGG GAG GAA CGUAAGUG CGC GGAAUUA C AGCAACUGUUACGGCGUCUCC G A C^ G AC ACAUAAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Gmo-Mir-124-P3b-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUGUUCACAGCGGACCUUGAU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Gmo-Mir-124-P3b-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0044016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UAAGGCACGCGGUGAAUGCCAA -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Gmo-Mir-124-P3b-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAAGGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGAAUACAACGGAAGGGAUUGCCACUCCUUGUGUUCACAGCGGACCUUGAUUUAAUACCCAAUACAAUUAAGGCACGCGGUGAAUGCCAAGAGAGGGGUCCUCUGCGGCAUUGUCAACGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUGAAUACAACGGAAGGGAUU A - -| A GA UAAUAC GCC CUC CUU GUGUUCAC GCG CCUUGAUU \ UGG GAG GAA CGUAAGUG CGC GGAAUUAA C GCAACUGUUACGGCGUCUCC- G A C^ G AC CAUAAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Gmo-Mir-124-P3b-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUGUUCACAGCGGACCUUGAUU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Gmo-Mir-124-P3b-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0044016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA -60
Get sequence
|
