| MirGeneDB ID | Xla-Mir-124-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-124 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xla-mir-124-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-124-P1c-v1 Xla-Mir-124-P1d-v1 Xla-Mir-124-P2c-v1 Xla-Mir-124-P2d-v1 Xla-Mir-124-P3c-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-124 Aca-Mir-124-P3-v1 Aga-Mir-124 Agr-Mir-124 Ami-Mir-124-P3-v1 Asu-Mir-124 Bfl-Mir-124 Bge-Mir-124 Bko-Mir-124 Bla-Mir-124 Bpl-Mir-124 Bta-Mir-124-P3-v1 Cel-Mir-124 Cfa-Mir-124-P3-v1 Cja-Mir-124-P3-v1 Cli-Mir-124-P3-v1 Cmi-Mir-124-P3-v1 Cpi-Mir-124-P3-v1 Cpo-Mir-124-P3-v1 Cte-Mir-124 Dan-Mir-124 Dlo-Mir-124 Dma-Mir-124 Dme-Mir-124 Dmo-Mir-124 Dno-Mir-124-P3-v1 Dpu-Mir-124 Dsi-Mir-124 Dya-Mir-124 Eba-Mir-124 Eca-Mir-124-P3-v1 Esc-Mir-124 Gga-Mir-124-P3-v1 Gja-Mir-124-P3-v1 Gpa-Mir-124 Gsp-Mir-124 Hme-Mir-124 Hru-Mir-124 Hsa-Mir-124-P3-v1 Isc-Mir-124 Laf-Mir-124-P3-v1 Lan-Mir-124 Lch-Mir-124-P3 Lhy-Mir-124 Llo-Mir-124 Loc-Mir-124-P3-v1 Mdo-Mir-124-P3-v1 Mgi-Mir-124 Mml-Mir-124-P3-v1 Mmr-Mir-124-P3-v1 Mmu-Mir-124-P3-v1 Mom-Mir-124 Mun-Mir-124-P3-v1 Neu-Mir-124-P3-v1 Npo-Mir-124 Oan-Mir-124-P3-v1 Obi-Mir-124 Ocu-Mir-124-P3-v1 Ofu-Mir-124 Ovu-Mir-124 Pab-Mir-124-P3-v1 Pau-Mir-124 Pbv-Mir-124-P3-v1 Pdu-Mir-124 Pfl-Mir-124 Pma-Mir-124-o3 Pmi-Mir-124 Pve-Mir-124 Rno-Mir-124-P3-v1 Sha-Mir-124-P3-v1 Sko-Mir-124 Sma-Mir-124 Sne-Mir-124 Snu-Mir-124 Spu-Mir-124 Sro-Mir-124 Sto-Mir-124-P3-v1 Tca-Mir-124 Tgu-Mir-124-P3-v1 War-Mir-124 Xbo-Mir-124 Xtr-Mir-124-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030741.1: 15894757-15894816 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-124-P3d-v1) |
Mir-124-P3d-v1
NC_030741.1: 15894757-15894816 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-124-P3d-v2 NC_030741.1: 15894757-15894815 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Xla-Mir-124-P3d-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCUCCCCAGCCUCACUGAGCCCCCCUCUGCGUGUUCACAGUGGACCUUGAUUUAAUGUCCAUACAAUUAAGGCACGCGGUGAAUGCCAAGAGAGGGGCUUUAUUGCUUCUGCUGAAGGAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CCCUCCCCAGCCUCACU-- C -| C A GA UUAAUG GAGCCCC CUC UG GUGUUCAC GUG CCUUGAU U UUCGGGG GAG AC CGUAAGUG CGC GGAAUUA C AGGAAGUCGUCUUCGUUAU A A^ - G AC ACAUAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Xla-Mir-124-P3d-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0046428 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUGUUCACAGUGGACCUUGAU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xla-Mir-124-P3d-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0046429 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAAGGCACGCGGUGAAUGCCAA -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Xla-Mir-124-P3d-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAAGGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCUCCCCAGCCUCACUGAGCCCCCCUCUGCGUGUUCACAGUGGACCUUGAUUUAAUGUCCAUACAAUUAAGGCACGCGGUGAAUGCCAAGAGAGGGGCUUUAUUGCUUCUGCUGAAGGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CCCUCCCCAGCCUCACU- C -| C A GA UAAUG GAGCCCC CUC UG GUGUUCAC GUG CCUUGAUU U UUCGGGG GAG AC CGUAAGUG CGC GGAAUUAA C GGAAGUCGUCUUCGUUAU A A^ - G AC CAUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Xla-Mir-124-P3d-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0046428 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUGUUCACAGUGGACCUUGAUU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xla-Mir-124-P3d-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0046429 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA -59
Get sequence
|
