| MirGeneDB ID | Xla-Mir-124-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-124 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xla-mir-124-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-124-P1c-v1 Xla-Mir-124-P1d-v1 Xla-Mir-124-P2c-v1 Xla-Mir-124-P3c-v1 Xla-Mir-124-P3d-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-124 Aca-Mir-124-P2-v1 Aga-Mir-124 Agr-Mir-124 Ami-Mir-124-P2-v1 Asu-Mir-124 Bfl-Mir-124 Bge-Mir-124 Bko-Mir-124 Bla-Mir-124 Bpl-Mir-124 Bta-Mir-124-P2-v1 Cel-Mir-124 Cfa-Mir-124-P2-v1 Cja-Mir-124-P2-v1 Cmi-Mir-124-P2-v1 Cpi-Mir-124-P2-v1 Cpo-Mir-124-P2-v1 Cte-Mir-124 Dan-Mir-124 Dlo-Mir-124 Dma-Mir-124 Dme-Mir-124 Dmo-Mir-124 Dno-Mir-124-P2-v1 Dpu-Mir-124 Dsi-Mir-124 Dya-Mir-124 Eba-Mir-124 Eca-Mir-124-P2-v1 Esc-Mir-124 Ete-Mir-124-P2-v1 Gga-Mir-124-P2-v1 Gja-Mir-124-P2-v1 Gpa-Mir-124 Gsp-Mir-124 Hme-Mir-124 Hru-Mir-124 Hsa-Mir-124-P2-v1 Isc-Mir-124 Laf-Mir-124-P2-v1 Lan-Mir-124 Lch-Mir-124-P2 Lhy-Mir-124 Llo-Mir-124 Loc-Mir-124-P2-v1 Mdo-Mir-124-P2-v1 Mgi-Mir-124 Mml-Mir-124-P2-v1 Mmr-Mir-124-P2-v1 Mmu-Mir-124-P2-v1 Mom-Mir-124 Mun-Mir-124-P2-v1 Neu-Mir-124-P2-v1 Npo-Mir-124 Obi-Mir-124 Ocu-Mir-124-P2-v1 Ofu-Mir-124 Ovu-Mir-124 Pab-Mir-124-P2-v1 Pau-Mir-124 Pbv-Mir-124-P2-v1 Pdu-Mir-124 Pfl-Mir-124 Pma-Mir-124-o2 Pmi-Mir-124 Pve-Mir-124 Rno-Mir-124-P2-v1 Sha-Mir-124-P2-v1 Sko-Mir-124 Sma-Mir-124 Sne-Mir-124 Snu-Mir-124 Spt-Mir-124-P2 Spu-Mir-124 Sro-Mir-124 Sto-Mir-124-P2-v1 Tca-Mir-124 Tgu-Mir-124-P2-v1 War-Mir-124 Xbo-Mir-124 Xtr-Mir-124-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030733.1: 131342483-131342543 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-124-P2d-v1) |
Mir-124-P2d-v1
NC_030733.1: 131342483-131342543 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-124-P2d-v2 NC_030733.1: 131342483-131342542 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Xla-Mir-124-P2d-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCACUCUUGACAUUAGAGGCCCCUUCUCUCCGUGUUCACAGCGGACCUUGAUUUAAAUGUCCAUACAAUUAAGGCACGCGGUGAAUGCCAAGAGAGGGGCUGAGAAGCAGCCAGUGAGGAUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCACUCUUGACAUUAGA---| U CC A GA UUAAAUG GGCCCCU CUCU GUGUUCAC GCG CCUUGAU \ UCGGGGA GAGA CGUAAGUG CGC GGAAUUA U UAGGAGUGACCGACGAAGAG^ - AC G AC ACAUACC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Xla-Mir-124-P2d-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0046430 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUGUUCACAGCGGACCUUGAU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xla-Mir-124-P2d-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0046429 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UAAGGCACGCGGUGAAUGCCAA -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Xla-Mir-124-P2d-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAAGGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCACUCUUGACAUUAGAGGCCCCUUCUCUCCGUGUUCACAGCGGACCUUGAUUUAAAUGUCCAUACAAUUAAGGCACGCGGUGAAUGCCAAGAGAGGGGCUGAGAAGCAGCCAGUGAGGAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCACUCUUGACAUUAGA--| U CC A GA UAAAUG GGCCCCU CUCU GUGUUCAC GCG CCUUGAUU \ UCGGGGA GAGA CGUAAGUG CGC GGAAUUAA U AGGAGUGACCGACGAAGAG^ - AC G AC CAUACC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Xla-Mir-124-P2d-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0046430 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUGUUCACAGCGGACCUUGAUU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xla-Mir-124-P2d-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0046429 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA -60
Get sequence
|
