| MirGeneDB ID | Gga-Mir-124-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-124 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gga-mir-124a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gga-Mir-124-P2-v1 Gga-Mir-124-P3-v1 Gga-Mir-124-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-124 Aca-Mir-124-P1-v1 Aga-Mir-124 Agr-Mir-124 Ami-Mir-124-P1-v1 Asu-Mir-124 Bfl-Mir-124 Bge-Mir-124 Bko-Mir-124 Bla-Mir-124 Bpl-Mir-124 Bta-Mir-124-P1-v1 Cel-Mir-124 Cfa-Mir-124-P1-v1 Cja-Mir-124-P1-v1 Cli-Mir-124-P1-v1 Cmi-Mir-124-P1-v1 Cpi-Mir-124-P1-v1 Cpo-Mir-124-P1-v1 Cte-Mir-124 Dan-Mir-124 Dlo-Mir-124 Dma-Mir-124 Dme-Mir-124 Dmo-Mir-124 Dno-Mir-124-P1-v1 Dpu-Mir-124 Dre-Mir-124-P1a-v1 Dre-Mir-124-P1b-v1 Dsi-Mir-124 Dya-Mir-124 Eba-Mir-124 Eca-Mir-124-P1-v1 Esc-Mir-124 Ete-Mir-124-P1-v1 Gja-Mir-124-P1-v1 Gmo-Mir-124-P1a-v1 Gmo-Mir-124-P1b-v1 Gpa-Mir-124 Gsp-Mir-124 Hme-Mir-124 Hru-Mir-124 Hsa-Mir-124-P1-v1 Isc-Mir-124 Laf-Mir-124-P1-v1 Lan-Mir-124 Lch-Mir-124-P1 Lhy-Mir-124 Llo-Mir-124 Loc-Mir-124-P1-v1 Mal-Mir-124-P1a-v1 Mal-Mir-124-P1b-v1 Mdo-Mir-124-P1-v1 Mgi-Mir-124 Mml-Mir-124-P1-v1 Mmr-Mir-124-P1-v1 Mmu-Mir-124-P1-v1 Mom-Mir-124 Mun-Mir-124-P1-v1 Neu-Mir-124-P1-v1 Npo-Mir-124 Oan-Mir-124-P1-v1 Obi-Mir-124 Ocu-Mir-124-P1-v1 Ofu-Mir-124 Ovu-Mir-124 Pab-Mir-124-P1-v1 Pau-Mir-124 Pbv-Mir-124-P1-v1 Pdu-Mir-124 Pfl-Mir-124 Pma-Mir-124-o1 Pmi-Mir-124 Pve-Mir-124 Rno-Mir-124-P1-v1 Sha-Mir-124-P1-v1 Sko-Mir-124 Sma-Mir-124 Sne-Mir-124 Snu-Mir-124 Spt-Mir-124-P1 Spu-Mir-124 Sro-Mir-124 Sto-Mir-124-P1-v1 Tca-Mir-124 Tgu-Mir-124-P1-v1 Tni-Mir-124-P1b-v1 War-Mir-124 Xbo-Mir-124 Xla-Mir-124-P1c-v1 Xla-Mir-124-P1d-v1 Xtr-Mir-124-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
2: 114301745-114301803 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-124-P1-v1) |
Mir-124-P1-v1
2: 114301745-114301803 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-124-P1-v2 2: 114301745-114301802 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Gga-Mir-124-P1-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGCGUGAGCGCUCCCAGGCUCUGCCUCUCCGUGUUCACAGCGGACCUUGAUUUAAUGUCAUACAAUUAAGGCACGCGGUGAAUGCCAAGAGCGGAUCCUCCAGGCGGCAUUAAGGAACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCGCGUGAGCGCUCCCA---| C C CC A GA UUAAUG GG UCUGC UCU GUGUUCAC GCG CCUUGAU \ CC AGGCG AGA CGUAAGUG CGC GGAAUUA U CAAGGAAUUACGGCGGACCU^ U - AC G AC ACAUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Gga-Mir-124-P1-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0026511 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUGUUCACAGCGGACCUUGAU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-124a-5p miRDB: MIMAT0026511 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Gga-Mir-124-P1-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0001128 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAAGGCACGCGGUGAAUGCCAA -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-124a-3p miRDB: MIMAT0001128 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Gga-Mir-124-P1-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAAGGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGCGUGAGCGCUCCCAGGCUCUGCCUCUCCGUGUUCACAGCGGACCUUGAUUUAAUGUCAUACAAUUAAGGCACGCGGUGAAUGCCAAGAGCGGAUCCUCCAGGCGGCAUUAAGGAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCGCGUGAGCGCUCCCA--| C C CC A GA UAAUG GG UCUGC UCU GUGUUCAC GCG CCUUGAUU \ CC AGGCG AGA CGUAAGUG CGC GGAAUUAA U AAGGAAUUACGGCGGACCU^ U - AC G AC CAUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Gga-Mir-124-P1-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0026511 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUGUUCACAGCGGACCUUGAUU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-124a-5p miRDB: MIMAT0026511 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Gga-Mir-124-P1-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0001128 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA -58
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-124a-3p miRDB: MIMAT0001128 |
