MirGeneDB ID | Dre-Mir-375-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-375 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUGUUCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dre-mir-375-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dre-Mir-375-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-375 Aca-Mir-375 Ami-Mir-375 Asu-Mir-375 Bfl-Mir-375 Bge-Mir-375 Bla-Mir-375 Bpl-Mir-375 Bta-Mir-375 Cbr-Mir-375 Cel-Mir-375 Cfa-Mir-375 Cin-Mir-375 Cli-Mir-375 Cpi-Mir-375 Cpo-Mir-375 Cte-Mir-375 Dan-Mir-375 Dma-Mir-375 Dme-Mir-375 Dmo-Mir-375 Dno-Mir-375 Dpu-Mir-375 Dsi-Mir-375 Dya-Mir-375 Ebu-Mir-375 Efe-Mir-375 Esc-Mir-375 Ete-Mir-375 Gga-Mir-375 Gja-Mir-375 Gmo-Mir-375-P2 Hme-Mir-375 Hsa-Mir-375 Isc-Mir-375 Lan-Mir-375 Lch-Mir-375 Lgi-Mir-375 Loc-Mir-375 Mal-Mir-375-P2 Mdo-Mir-375 Mml-Mir-375 Mmu-Mir-375 Npo-Mir-375 Oan-Mir-375 Obi-Mir-375 Ocu-Mir-375 Ovu-Mir-375 Pbv-Mir-375 Pfl-Mir-375 Pmi-Mir-375 Rno-Mir-375 Sha-Mir-375 Sko-Mir-375 Spt-Mir-375 Spu-Mir-375 Sto-Mir-375 Tca-Mir-375 Tgu-Mir-375 Tni-Mir-375-P2 Xtr-Mir-375 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (danRer11) |
chr9: 11571983-11572043 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-375-P2) |
Mir-1788
chr9: 11551626-11551682 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-375-P2 chr9: 11571983-11572043 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAUGUUAAUUGUGUUUUCUGUACUUGUCUCACGUUGAGCCACACGCACAAUGCCUGCAGAUGAAAGGGUUUUGUUCGUUCGGCUCGCGUUACGCAGAUGCAGACACUCGGCAGGAAAACAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GAUGUUAAUUGUGUUUU--| C CUC U AC C U CUGCAG CUGUA UUGU ACGU GAGCC ACG ACAA GC A GACGU GACG UGCG CUCGG UGC UGUU UG U GACAAAAGGACGGCUCACA^ A CAU - CU U U GGAAAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dre-Mir-375-P2_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACGUUGAGCCACACGCACAAUGC -23
Get sequence
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Mature sequence | Dre-Mir-375-P2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0001876 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UUUGUUCGUUCGGCUCGCGUUA -61
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-375 |