| MirGeneDB ID | Dan-Mir-2-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila ananassae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dan-mir-2a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dan-Mir-2-P1-v1 Dan-Mir-2-P2a Dan-Mir-2-P2b1 Dan-Mir-2-P2b2 Dan-Mir-2-P3a-v1 Dan-Mir-2-P3b Dan-Mir-2-P4a-v1 Dan-Mir-2-P4b-v1 Dan-Mir-2-P5 Dan-Mir-2-P6a Dan-Mir-2-P6b Dan-Mir-2-P6c Dan-Mir-2-P7 Dan-Mir-2-P8 Dan-Mir-2-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P4-v1 Aga-Mir-2-P4-v1 Bge-Mir-2-P4-v1 Cbr-Mir-2-o4 Cel-Mir-2-o4 Dma-Mir-2-P4 Dme-Mir-2-P4a-v1 Dmo-Mir-2-P4a-v1 Dpu-Mir-2-P4 Dsi-Mir-2-P4a-v1 Dya-Mir-2-P4a-v1 Gpa-Mir-2-P4a-v1 Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P4 Isc-Mir-2-P4 Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Glossinidae + Drosophilidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dana_caf1) |
scaffold_12916: 12013671-12013735 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P4a-v2) |
Mir-2-P3b
scaffold_12916: 12013322-12013390 [+]
Ensembl
Mir-2-P4a-v1 scaffold_12916: 12013671-12013735 [+] Ensembl Mir-2-P4a-v2 scaffold_12916: 12013671-12013735 [+] Ensembl Mir-2-P4b-v1 scaffold_12916: 12013993-12014052 [+] Ensembl Mir-2-P4b-v2 scaffold_12916: 12013993-12014052 [+] Ensembl |
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| Variant | Dan-Mir-2-P4a-v2 |
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| Seed | CACAGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAACAAAAAUAUUGGCACAUUCCUGCUGGGCUCACAAAGUGGUUGUGAAAUGCAUUUCCAUUUUGCCCGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUUAGCGUUAUGUAUCGUACAUCAAUCAAUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAACAAAAAUAUUGGCA--- UCC - -| AAUGCAUUUCCA CAU UGCUGGGCUCA CAAAG UGGUUGUGA \ GUA GCGAUUCGAGU GUUUC ACCGACACU U ACUAACUAACUACAUGCUAU UU- A G^ AUACGCCCGUUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dan-Mir-2-P4a-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUCACAAAGUGGUUGUGAAA -20
Get sequence
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| Mature sequence | Dan-Mir-2-P4a-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0008414 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UCACAGCCAGCUUUGAUGAGCU -65
Get sequence
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| Variant | Dan-Mir-2-P4a-v1 |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAACAAAAAUAUUGGCACAUUCCUGCUGGGCUCACAAAGUGGUUGUGAAAUGCAUUUCCAUUUUGCCCGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUUAGCGUUAUGUAUCGUACAUCAAUCAAUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAACAAAAAUAUUGGCA--- UCC - -| A CAUUUCCA CAU UGCUGGGCUCA CAAAG UGGUUGUGA AUG \ GUA GCGAUUCGAGU GUUUC ACCGACACU UAC U ACUAACUAACUACAUGCUAU UU- A G^ A GCCCGUUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dan-Mir-2-P4a-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUCACAAAGUGGUUGUGAAAUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dan-Mir-2-P4a-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0008414 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCU -65
Get sequence
|
