| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-10-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-10b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cfa-Mir-10-P1c-v1 Cfa-Mir-10-P2b Cfa-Mir-10-P2c Cfa-Mir-10-P2d Cfa-Mir-10-P3b Cfa-Mir-10-P3c Cfa-Mir-10-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-10-P1-v1 Aca-Mir-10-P1b-v1 Adi-Mir-10 Aga-Mir-10-P1-v1 Agr-Mir-10-P1 Ami-Mir-10-P1b-v1 Asp-Mir-10 Asu-Mir-10-P1 Bfl-Mir-10-P1-v1 Bge-Mir-10-P1-v1 Bla-Mir-10-P1-v1 Bta-Mir-10-P1b-v1 Cbr-Mir-10-P1 Cel-Mir-10-P1 Cja-Mir-10-P1b-v1 Cli-Mir-10-P1b-v1 Cmi-Mir-10-P1b-v1 Cpi-Mir-10-P1b-v1 Cpo-Mir-10-P1b-v1 Cte-Mir-10-P1 Dan-Mir-10-P1 Dgr-Mir-10-P1 Dlo-Mir-10-P1-v1 Dma-Mir-10-P1-v1 Dme-Mir-10-P1 Dmo-Mir-10-P1 Dno-Mir-10-P1b-v1 Dpu-Mir-10-P1-v1 Dre-Mir-10-P1b1-v1 Dre-Mir-10-P1b2-v1 Dsi-Mir-10-P1 Dya-Mir-10-P1 Eba-Mir-10-P1 Eca-Mir-10-P1b-v1 Efe-Mir-10-P1 Egr-Mir-10-P1 Ete-Mir-10-P1b-v1 Gga-Mir-10-P1b-v1 Gja-Mir-10-P1b-v1 Gmo-Mir-10-P1b1-v1 Gmo-Mir-10-P1b2-v1 Gpa-Mir-10-P1 Gsp-Mir-10-P1 Hme-Mir-10-P1-v1 Hmi-Mir-10-P1b Hru-Mir-10-P1 Hsa-Mir-10-P1b-v1 Isc-Mir-10-P1-v1 Laf-Mir-10-P1b Lch-Mir-10-P1b Lgi-Mir-10-P1 Lhy-Mir-10-P1 Llo-Mir-10-P1 Loc-Mir-10-P1b-v1 Mal-Mir-10-P1b1-v1 Mal-Mir-10-P1b2 Mdo-Mir-10-P1b-v1 Mgi-Mir-10-P1 Mml-Mir-10-P1b-v1 Mmr-Mir-10-P1b-v1 Mmu-Mir-10-P1b-v1 Mom-Mir-10-P1 Mun-Mir-10-P1b-v1 Neu-Mir-10-P1b-v1 Npo-Mir-10-P1 Nve-Mir-10 Oan-Mir-10-P1b-v1 Ocu-Mir-10-P1b-v1 Ofu-Mir-10-P1 Pab-Mir-10-P1b-v1 Pau-Mir-10-P1 Pbv-Mir-10-P1b-v1 Pca-Mir-10-P1 Pdu-Mir-10-P1 Pfl-Mir-10-P1 Pmi-Mir-10-P1 Pve-Mir-10-P1 Rno-Mir-10-P1b-v1 Rph-Mir-10-P1 Sha-Mir-10-P1b-v1 Sko-Mir-10-P1 Sma-Mir-10-P1 Snu-Mir-10-P1 Spt-Mir-10-P1b Spu-Mir-10-P1 Sto-Mir-10-P1b-v1 Tca-Mir-10-P1-v1 Tgu-Mir-10-P1b-v1 Tni-Mir-10-P1b1-v1 Tni-Mir-10-P1b2 War-Mir-10-P1 Xbo-Mir-10-P1 Xla-Mir-10-P1b3-v1 Xla-Mir-10-P1b4-v1 Xtr-Mir-10-P1b-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr36: 19958930-19958991 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-10-P1b-v1) |
Mir-10-P1b-v1
chr36: 19958930-19958991 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-10-P1b-v2 chr36: 19958931-19958990 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Cfa-Mir-10-P1b-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACCCUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAACCCGGAGGUAGUAACGUUGUCUAUAUAUACCCUGUAGAACCGAAUUUGUGUGGUAUCCACAUAGUCACAGAUUCGAUUCUAGGGGAAUAUAUGGUCGAUGCAAAAACUUCAUGUUUCUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAACCCGGAGGUAGUAA--| U A G C GUGGUAUC CGUUG CUAUAUAU CCCU UAGAA CGAAUUUGU \ GUAGC GGUAUAUA GGGG AUCUU GCUUAGACA C CUCUUUGUACUUCAAAAAC^ U A - A CUGAUACA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cfa-Mir-10-P1b-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0009837 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACCCUGUAGAACCGAAUUUGU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-10b miRDB: MIMAT0009837 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cfa-Mir-10-P1b-v1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- AGAUUCGAUUCUAGGGGAAUA -62
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Cfa-Mir-10-P1b-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCCUGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AACCCGGAGGUAGUAACGUUGUCUAUAUAUACCCUGUAGAACCGAAUUUGUGUGGUAUCCACAUAGUCACAGAUUCGAUUCUAGGGGAAUAUAUGGUCGAUGCAAAAACUUCAUGUUUCUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AACCCGGAGGUAGUAAC--| U A G C UGGUAUC GUUG CUAUAUAU CCCU UAGAA CGAAUUUGUG \ UAGC GGUAUAUA GGGG AUCUU GCUUAGACAC C UCUUUGUACUUCAAAAACG^ U A - A UGAUACA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cfa-Mir-10-P1b-v2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0009837 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCCUGUAGAACCGAAUUUGUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-10b miRDB: MIMAT0009837 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cfa-Mir-10-P1b-v2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CAGAUUCGAUUCUAGGGGAAU -60
Get sequence
|
