MirGeneDB ID | Bta-Mir-8-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-8 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAUACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-mir-200b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bta-Mir-8-P1b Bta-Mir-8-P2a Bta-Mir-8-P2b Bta-Mir-8-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-8 Aca-Mir-8-P1a Ami-Mir-8-P1a Asu-Mir-8 Bfl-Mir-8-P1-v1 Bfl-Mir-8-P1-v2 Bge-Mir-8 Bla-Mir-8-P1 Bpl-Mir-8 Cbr-Mir-8 Cel-Mir-8 Cfa-Mir-8-P1a Cgi-Mir-8 Cin-Mir-8-P1 Cli-Mir-8-P1a Cmi-Mir-8-P1a Cpi-Mir-8-P1a Cpo-Mir-8-P1a Csc-Mir-8 Cte-Mir-8 Dan-Mir-8 Dma-Mir-8 Dme-Mir-8 Dmo-Mir-8 Dno-Mir-8-P1a Dpu-Mir-8 Dre-Mir-8-P1a Dsi-Mir-8 Dya-Mir-8 Esc-Mir-8 Ete-Mir-8-P1a Gga-Mir-8-P1a Gja-Mir-8-P1a Gmo-Mir-8-P1a Hme-Mir-8 Hsa-Mir-8-P1a Isc-Mir-8 Lan-Mir-8 Lch-Mir-8-P1a Lgi-Mir-8 Loc-Mir-8-P1a Mal-Mir-8-P1a Mdo-Mir-8-P1a Mml-Mir-8-P1a Mmu-Mir-8-P1a Mun-Mir-8-P1a Npo-Mir-8 Oan-Mir-8-P1a Obi-Mir-8 Ocu-Mir-8-P1a Ovu-Mir-8 Pbv-Mir-8-P1a Pfl-Mir-8 Pmi-Mir-8 Rno-Mir-8-P1a Sha-Mir-8-P1a Sko-Mir-8 Spt-Mir-8-P1a Spu-Mir-8 Sto-Mir-8-P1a Tca-Mir-8 Tgu-Mir-8-P1a Tni-Mir-8-P1a Xla-Mir-8-P1a1 Xla-Mir-8-P1a2 Xtr-Mir-8-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037343.1: 51323347-51323405 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-8-P1a) |
Mir-8-P3a
NC_037343.1: 51321456-51321513 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-8-P2a NC_037343.1: 51322692-51322752 [-] UCSC Ensembl Mir-8-P1a NC_037343.1: 51323347-51323405 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCCCAAGACCCAAUCCGGGGUGGCCAUCGCCAUCUUACUGGGCAGCAUUGGAUGGUGUCUGGUCUCUAAUACUGCCUGGUAAUGAUGACGCUGGGGCCCUGCUCGCAGCGACGGGGCCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCCCAAGACCCAAUCCG---| GG U C - UG C UGGUG GGGU CCA CG CAUC UUAC GGCAG AUUGGA U CCCG GGU GC GUAG AAUG CCGUC UAAUCU C GCCGGGGCAGCGACGCUCGU^ G- C A U GU A CUGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Bta-Mir-8-P1a_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAUCUUACUGGGCAGCAUUGGA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Bta-Mir-8-P1a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0003842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UAAUACUGCCUGGUAAUGAUGAC -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-200b |