| MirGeneDB ID | Ami-Mir-460-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-460 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-460a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-460-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-460-P1 Cli-Mir-460-P1 Cpi-Mir-460-P1 Dre-Mir-460-P1 Gga-Mir-460-P1 Gja-Mir-460-P1 Gmo-Mir-460-P1 Lch-Mir-460-P1 Loc-Mir-460-P1 Mal-Mir-460-P1 Mdo-Mir-460-P1 Mun-Mir-460-P1 Neu-Mir-460-P1 Oan-Mir-460-P1 Sha-Mir-460-P1 Spt-Mir-460-P1 Tgu-Mir-460-P1 Tni-Mir-460-P1 Xla-Mir-460-P1a Xla-Mir-460-P1b Xtr-Mir-460-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017714292.1: 2458944-2459002 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUGCAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGGCAGGGCAGACACCUGACUUUAUAGGACCUGCAUUGUACACACUGUGUGUAUUGACUGGGCGUGCACAGCGCAUACAAUGUGGAUACUGUAGAAGUCAAUGACAGCACCCAGCGGAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCGGCAGGGCAGACACC- -| GAC UG CACA GUAUUGA UGAC UUUAUAG C CAUUGUA CUGUGU \ ACUG AGAUGUC G GUAACAU GACACG C AGGCGACCCACGACAGUA A^ AUA GU ACGC UGCGGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ami-Mir-460-P1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCUGCAUUGUACACACUGUGUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ami-Mir-460-P1_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CACAGCGCAUACAAUGUGGAUA -59
Get sequence
|
