| MirGeneDB ID | Tni-Mir-196-P4a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-196 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tni-mir-196a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-196-P1a Tni-Mir-196-P1b Tni-Mir-196-P3a Tni-Mir-196-P4a2 Tni-Mir-196-P4a3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-196-P4 Ami-Mir-196-P4 Bta-Mir-196-P4 Cfa-Mir-196-P4 Cin-Mir-196 Cja-Mir-196-P4 Cli-Mir-196-P4 Cmi-Mir-196-P4 Cpi-Mir-196-P4 Cpo-Mir-196-P4 Dno-Mir-196-P4 Dre-Mir-196-P4a Eca-Mir-196-P4 Ete-Mir-196-P4 Gga-Mir-196-P4 Gja-Mir-196-P4 Gmo-Mir-196-P4a Hsa-Mir-196-P4 Laf-Mir-196-P4 Lch-Mir-196-P4 Loc-Mir-196-P4 Mal-Mir-196-P4a Mml-Mir-196-P4 Mmr-Mir-196-P4 Mmu-Mir-196-P4 Mun-Mir-196-P4 Neu-Mir-196-P4 Oan-Mir-196-P4 Ocu-Mir-196-P4 Pab-Mir-196-P4 Rno-Mir-196-P4 Sha-Mir-196-P4 Spt-Mir-196-P4 Tgu-Mir-196-P4 Xtr-Mir-196-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. nigroviridis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
3: 685144-685202 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-196-P4a1) |
Mir-196-P4a1
3: 685144-685202 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-196-P4a2 3: 700487-700545 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACCUCCUUUGCGGGAAGCUGGAGCGUGGUUUAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGGAUGGCUUCCUGGCUCGGCAACAAGAAACUGCCUUGAUUACGUCAGUUCGUCUUCAUCAAGGGCACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACCUCCUUUGCGGGAAG----| GA U A GAUGGC CUG GCGUGGUU AGGUAGUUUC UGUUGUUGGG \ GAC UGCAUUAG UCCGUCAAAG ACAACGGCUC U ACACGGGAACUACUUCUGCUU^ -- U A GGUCCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tni-Mir-196-P4a1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0002956 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGG -22
Get sequence
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| Star sequence | Tni-Mir-196-P4a1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CGGCAACAAGAAACUGCCUUGA -59
Get sequence
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