| MirGeneDB ID | Cja-Mir-196-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-196 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cja-Mir-196-P1 Cja-Mir-196-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-196-P4 Ami-Mir-196-P4 Bta-Mir-196-P4 Cfa-Mir-196-P4 Cin-Mir-196 Cli-Mir-196-P4 Cmi-Mir-196-P4 Cpi-Mir-196-P4 Cpo-Mir-196-P4 Dno-Mir-196-P4 Dre-Mir-196-P4a Dre-Mir-196-P4b Eca-Mir-196-P4 Ete-Mir-196-P4 Gga-Mir-196-P4 Gja-Mir-196-P4 Gmo-Mir-196-P4a Hsa-Mir-196-P4 Laf-Mir-196-P4 Lch-Mir-196-P4 Loc-Mir-196-P4 Mal-Mir-196-P4a Mml-Mir-196-P4 Mmr-Mir-196-P4 Mmu-Mir-196-P4 Mun-Mir-196-P4 Neu-Mir-196-P4 Oan-Mir-196-P4 Ocu-Mir-196-P4 Pab-Mir-196-P4 Rno-Mir-196-P4 Sha-Mir-196-P4 Spt-Mir-196-P4 Tgu-Mir-196-P4 Tni-Mir-196-P4a1 Tni-Mir-196-P4a2 Tni-Mir-196-P4a3 Xla-Mir-196-P4c-v1 Xla-Mir-196-P4d-v1 Xtr-Mir-196-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021923.1: 61998803-61998861 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-196-P4) |
Mir-615
CM021923.1: 61956664-61956727 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-196-P4 CM021923.1: 61998803-61998861 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCGCCCUGCUUGCUCAGCUGAUCUGUGGCUUAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGAUUGAGUUUUGAACUCGGCAACAAGAAACUGCCUGAGUUACAUCAGUCGGUUUUCGUCGAGGGCCCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCGCCCUGCUUGCUCAG----| UC A AUUGAG CUGA UGUGGCUUAGGUAGUUUC UGUUGUUGGG \ GACU ACAUUGAGUCCGUCAAAG ACAACGGCUC U CCCCGGGAGCUGCUUUUGGCU^ -- A AAGUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cja-Mir-196-P4_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Cja-Mir-196-P4_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UCGGCAACAAGAAACUGCCUGAG -59
Get sequence
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