MirGeneDB ID | Hsa-Mir-196-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-196 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Human (Homo sapiens) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | hsa-mir-196a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Hsa-Mir-196-P1 Hsa-Mir-196-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-196-P4 Ami-Mir-196-P4 Bta-Mir-196-P4 Cfa-Mir-196-P4 Cin-Mir-196 Cli-Mir-196-P4 Cmi-Mir-196-P4 Cpi-Mir-196-P4 Cpo-Mir-196-P4 Dno-Mir-196-P4 Dre-Mir-196-P4a Dre-Mir-196-P4b Ete-Mir-196-P4 Gga-Mir-196-P4 Gja-Mir-196-P4 Gmo-Mir-196-P4a Lch-Mir-196-P4 Loc-Mir-196-P4 Mal-Mir-196-P4a Mml-Mir-196-P4 Mmu-Mir-196-P4 Mun-Mir-196-P4 Oan-Mir-196-P4 Ocu-Mir-196-P4 Rno-Mir-196-P4 Sha-Mir-196-P4 Spt-Mir-196-P4 Tgu-Mir-196-P4 Tni-Mir-196-P4a1 Tni-Mir-196-P4a2 Tni-Mir-196-P4a3 Xla-Mir-196-P4c-v1 Xla-Mir-196-P4c-v2 Xla-Mir-196-P4d-v1 Xla-Mir-196-P4d-v2 Xtr-Mir-196-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (hg38) |
chr12: 53991762-53991820 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-196-P4) |
Mir-196-P4
chr12: 53991762-53991820 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-615 chr12: 54033967-54034030 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCGCCCUGCUCGCUCAGCUGAUCUGUGGCUUAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGAUUGAGUUUUGAACUCGGCAACAAGAAACUGCCUGAGUUACAUCAGUCGGUUUUCGUCGAGGGCCCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCGCCCUGCUCGCUCAG----| UC A AUUGAG CUGA UGUGGCUUAGGUAGUUUC UGUUGUUGGG \ GACU ACAUUGAGUCCGUCAAAG ACAACGGCUC U CCCCGGGAGCUGCUUUUGGCU^ -- A AAGUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Hsa-Mir-196-P4_5p |
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mirBase accession | MIMAT0000226 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGA -23
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000226 TargetScanVert: hsa-miR-196a-5p TargetMiner: hsa-miR-196a-5p miRDB: MIMAT0000226 |
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Star sequence | Hsa-Mir-196-P4_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0004562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UCGGCAACAAGAAACUGCCUGAG -59
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004562 TargetScanVert: hsa-miR-196a-3p TargetMiner: hsa-miR-196a-3p miRDB: MIMAT0004562 |