| MirGeneDB ID | Tgu-Mir-1329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1329 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tgu-mir-1329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-1329-v1 Ami-Mir-1329 Bta-Mir-1329 Cli-Mir-1329-v1 Cmi-Mir-1329 Cpi-Mir-1329-v1 Ebu-Mir-1329 Eca-Mir-1329 Gga-Mir-1329-v1 Gja-Mir-1329-v1 Laf-Mir-1329 Mdo-Mir-1329 Mmr-Mir-1329 Mun-Mir-1329 Neu-Mir-1329 Oan-Mir-1329-v1 Pbv-Mir-1329 Pma-Mir-1329 Sha-Mir-1329 Spt-Mir-1329 Sto-Mir-1329 Xtr-Mir-1329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (TaeGut1_add) |
3: 15194064-15194124 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1329-v1) |
Mir-1329-v1
3: 15194064-15194124 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-1329-v2 3: 15194065-15194123 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Tgu-Mir-1329-v1 |
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| Seed | ACAGUGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAGACACAAGUCUUGGUCUGGUUGUAGAGAUACAGUGAUCAGGUUACGAUGGAUUUCUCAAGUAACAACCUCGUAGCUUGAUCACGAUAUCCCUAUGACUUGAGAAACAACAGGUUUCUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UAGACACAAGUCUUGGU--|U UG A CA U AUUUCUC C GGU UAG GAUA GUGAUCAGGUUACGA GG A G UCA AUC CUAU CACUAGUUCGAUGCU CC A UUUCUUUGGACAACAAAGA^U GU C AG - AACAAUG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tgu-Mir-1329-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0014449 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACAGUGAUCAGGUUACGAUGGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Tgu-Mir-1329-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0026956 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CUCGUAGCUUGAUCACGAUAUC -61
Get sequence
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| Variant | Tgu-Mir-1329-v2 |
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| Seed | CAGUGAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGACACAAGUCUUGGUCUGGUUGUAGAGAUACAGUGAUCAGGUUACGAUGGAUUUCUCAAGUAACAACCUCGUAGCUUGAUCACGAUAUCCCUAUGACUUGAGAAACAACAGGUUUCUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGACACAAGUCUUGGUCU--| UG A CA U AUUUCUC GGU UAG GAUA GUGAUCAGGUUACGA GG A UCA AUC CUAU CACUAGUUCGAUGCU CC A UUCUUUGGACAACAAAGAGU^ GU C AG - AACAAUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tgu-Mir-1329-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0014449 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACAGUGAUCAGGUUACGAUGGAU -23
Get sequence
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| Star sequence | Tgu-Mir-1329-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0026956 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CCUCGUAGCUUGAUCACGAUAU -59
Get sequence
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