| MirGeneDB ID | Oan-Mir-1329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-1329 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | oan-mir-1329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-1329-v1 Ami-Mir-1329 Bta-Mir-1329 Cli-Mir-1329-v1 Cmi-Mir-1329 Cpi-Mir-1329-v1 Ebu-Mir-1329 Eca-Mir-1329 Gga-Mir-1329-v1 Gja-Mir-1329-v1 Laf-Mir-1329 Mdo-Mir-1329 Mmr-Mir-1329 Mun-Mir-1329 Neu-Mir-1329 Pbv-Mir-1329 Pma-Mir-1329 Sha-Mir-1329 Spt-Mir-1329 Sto-Mir-1329 Tgu-Mir-1329-v1 Xtr-Mir-1329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041728.1: 86137750-86137810 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1329-v1) |
Mir-1329-v1
NC_041728.1: 86137750-86137810 [+]
Mir-1329-v2 NC_041728.1: 86137751-86137809 [+] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Oan-Mir-1329-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAGUGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAAGGAGGAAUCUCAAUCUGGUUGUAGGGGUACAGUGAUCAGGUUACGAUGGAUUUCUCAAGUAACAACCUCGUAGCUCGGUCACGAUAUCCAUAUGACUCGAAGAGCAACAAUUUUGGUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UAAGGAGGAAUCUCAAU--|U UG G CA AG U AUUUCUC C GGU UA GGGUA GUGAUC GUUACGA GG A G UCA AU CCUAU CACUGG CGAUGCU CC A CUGGUUUUAACAACGAGAA^C GU A AG CU - AACAAUG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Oan-Mir-1329-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0006798 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACAGUGAUCAGGUUACGAUGGA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Oan-Mir-1329-v1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0006799 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CUCGUAGCUCGGUCACGAUAUC -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Oan-Mir-1329-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGUGAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGGAGGAAUCUCAAUCUGGUUGUAGGGGUACAGUGAUCAGGUUACGAUGGAUUUCUCAAGUAACAACCUCGUAGCUCGGUCACGAUAUCCAUAUGACUCGAAGAGCAACAAUUUUGGUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AAGGAGGAAUCUCAAUCU--| UG G CA AG U AUUUCUC GGU UA GGGUA GUGAUC GUUACGA GG A UCA AU CCUAU CACUGG CGAUGCU CC A UGGUUUUAACAACGAGAAGC^ GU A AG CU - AACAAUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Oan-Mir-1329-v2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0006798 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACAGUGAUCAGGUUACGAUGGAU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Oan-Mir-1329-v2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0006799 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CCUCGUAGCUCGGUCACGAUAU -59
Get sequence
|
