| MirGeneDB ID | Aca-Mir-1329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1329 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aca-mir-1329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-1329 Bta-Mir-1329 Cli-Mir-1329-v1 Cmi-Mir-1329 Cpi-Mir-1329-v1 Ebu-Mir-1329 Eca-Mir-1329 Gga-Mir-1329-v1 Gja-Mir-1329-v1 Laf-Mir-1329 Mdo-Mir-1329 Mmr-Mir-1329 Mun-Mir-1329 Neu-Mir-1329 Oan-Mir-1329-v1 Pbv-Mir-1329 Pma-Mir-1329 Sha-Mir-1329 Spt-Mir-1329 Sto-Mir-1329 Tgu-Mir-1329-v1 Xtr-Mir-1329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (anoCar2) |
1: 147380645-147380705 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1329-v1) |
Mir-1329-v1
1: 147380645-147380705 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-1329-v2 1: 147380646-147380704 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Aca-Mir-1329-v1 |
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| Seed | ACAGUGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGAAUUGCUUCUGCAUCGGACUGUAGGGGUACAGUGAUCAGGUUACGAUGGAUUUCUCUAGUAACAGCCUCGUAGCUUGAUCACCAUCUCCCUAUGAUUCAGAUUACAGCUGGUUUGCUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAGAAUUGCUUCUGCAUC--| CU UACA U AUUUCUC GGA GUAGGGG GUGAUCAGGUUACGA GG U CUU UAUCCCU CACUAGUUCGAUGCU CC A UUCGUUUGGUCGACAUUAGA^ AG CUAC - GACAAUG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Aca-Mir-1329-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0021747 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACAGUGAUCAGGUUACGAUGGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Aca-Mir-1329-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0021748 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CUCGUAGCUUGAUCACCAUCUC -61
Get sequence
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| Variant | Aca-Mir-1329-v2 |
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| Seed | CAGUGAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAAUUGCUUCUGCAUCGGACUGUAGGGGUACAGUGAUCAGGUUACGAUGGAUUUCUCUAGUAACAGCCUCGUAGCUUGAUCACCAUCUCCCUAUGAUUCAGAUUACAGCUGGUUUGCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGAAUUGCUUCUGCAUC--| CU UACA U AUUUCUC GGA GUAGGGG GUGAUCAGGUUACGA GG U CUU UAUCCCU CACUAGUUCGAUGCU CC A UCGUUUGGUCGACAUUAGA^ AG CUAC - GACAAUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Aca-Mir-1329-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0021747 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACAGUGAUCAGGUUACGAUGGAU -23
Get sequence
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| Star sequence | Aca-Mir-1329-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0021748 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CCUCGUAGCUUGAUCACCAUCU -59
Get sequence
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