| MirGeneDB ID | Sto-Mir-1329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-1329 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cloudy Catshark (Scyliorhinus torazame) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-1329-v1 Ami-Mir-1329 Bta-Mir-1329 Cli-Mir-1329-v1 Cmi-Mir-1329 Cpi-Mir-1329-v1 Ebu-Mir-1329 Eca-Mir-1329 Gga-Mir-1329-v1 Gja-Mir-1329-v1 Laf-Mir-1329 Mdo-Mir-1329 Mmr-Mir-1329 Mun-Mir-1329 Neu-Mir-1329 Oan-Mir-1329-v1 Pbv-Mir-1329 Pma-Mir-1329 Sha-Mir-1329 Spt-Mir-1329 Tgu-Mir-1329-v1 Xla-Mir-1329-P1 Xla-Mir-1329-P2 Xtr-Mir-1329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003427355_STO_add) |
BFAA01006039.1: 180058-180118 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAGUGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUCCCGGAAUGACAAUCUGGACACAUGGACACAGUGAUCAGGUUACGAUGGAUUAGAUCAAUAAGAGCCACAUAGCUUGGUCACGUUGUCCAUGUGUUCAGGAAAACUUCAAUCUUUGAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUUCCCGGAAUGACAAU--| CA CGA AUUAGAU CUGGACACAUGGACA GUGAUCAGGUUA UGG C GACUUGUGUACCUGU CACUGGUUCGAU ACC A AAGUUUCUAACUUCAAAAG^ UG AC- GAGAAUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Sto-Mir-1329_5p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CACAGUGAUCAGGUUACGAUGGA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Sto-Mir-1329_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- ACAUAGCUUGGUCACGUUGUC -61
Get sequence
|
