| MirGeneDB ID | Pma-Mir-1329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1329 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAGUGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | pma-mir-1329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-1329-v1 Aca-Mir-1329-v2 Ami-Mir-1329 Bta-Mir-1329 Cli-Mir-1329-v1 Cli-Mir-1329-v2 Cmi-Mir-1329 Cpi-Mir-1329-v1 Cpi-Mir-1329-v2 Ebu-Mir-1329 Gga-Mir-1329-v1 Gga-Mir-1329-v2 Gja-Mir-1329-v1 Gja-Mir-1329-v2 Mdo-Mir-1329 Mun-Mir-1329 Oan-Mir-1329-v1 Oan-Mir-1329-v2 Pbv-Mir-1329 Sha-Mir-1329 Spt-Mir-1329 Sto-Mir-1329 Tgu-Mir-1329-v1 Tgu-Mir-1329-v2 Xla-Mir-1329-P1 Xla-Mir-1329-P2 Xtr-Mir-1329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046095.1: 6741701-6741764 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCCGACUCACACAUAUCUGCGUGGCGCAGCUACAGUGACCAGGUUAUGACGGAGUCAUAUCUCGAUUCGCCCAUCGUGGUCUGGUCACCCUGCCUGCCCACGUGGACAAGCAUCACCGGCCCUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCGACUCACACAUAUCU---| C C CA GU C AGUCAUAU GCGUGG GCAG UA GUGACCAG UAUGA GG C UGCACC CGUC GU CACUGGUC GUGCU CC U GUCCCGGCCACUACGAACAGG^ - C CC UG A CGCUUAGC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pma-Mir-1329_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0019560 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACAGUGACCAGGUUAUGACGGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Pma-Mir-1329_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- AUCGUGGUCUGGUCACCCUGCC -64
Get sequence
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