| MirGeneDB ID | Rph-Mir-1990-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-1990 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Japanese carpet shell (Ruditapes philippinarum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-1990-P2 Cte-Mir-1990-P2 Cte-Mir-1990-P2-as Eba-Mir-1990-P2 Efe-Mir-1990-P2 Hru-Mir-1990-P2 Lan-Mir-1990-P2 Lgi-Mir-1990-P2 Mgi-Mir-1990-P2 Mom-Mir-1990-P2 Npo-Mir-1990-P2 Ofu-Mir-1990-P2 Pdu-Mir-1990-P2 Pdu-Mir-1990-P2-as Pve-Mir-1990-P2a1 Pve-Mir-1990-P2a2 Pve-Mir-1990-P2b Pve-Mir-1990-P2c Pve-Mir-1990-P2d Pve-Mir-1990-P2e War-Mir-1990-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Ruditapes_GCA_009026015) |
CM018529.1: 4832540-4832596 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1990-P2) |
Novel-2
CM018529.1: 4830419-4830479 [+]
Ensembl
Mir-1990-P2 CM018529.1: 4832540-4832596 [+] Ensembl Mir-1986 CM018529.1: 4837237-4837295 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGGACUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGACCAAAUCUAAGAUUUGUUAAUGUGUGGAGUAAGUUGAUGGGGUCCCAGGUUGCAUUUGUUCCCGGGACUACGUCAACUACUUGCCCACGUGACAAGUACCGACCACGUGACUACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GGACCAAAUCUAAGAUU---| A U -- A GG A UUGCA UGUUA UGUG GG AGUA GUUGAUG GUCCC GG \ ACAGU GCAC CC UCAU CAACUGC CAGGG CC U CAUCAGUGCACCAGCCAUGA^ - - GU - AU C UUGUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Rph-Mir-1990-P2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUAAGUUGAUGGGGUCCCAGG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Rph-Mir-1990-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CGGGACUACGUCAACUACUUGC -57
Get sequence
|
