| MirGeneDB ID | Rph-Novel-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | RPH-NOVEL-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Japanese carpet shell (Ruditapes philippinarum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | R. philippinarum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | R. philippinarum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Ruditapes_GCA_009026015) |
CM018529.1: 4830419-4830479 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-2) |
Novel-2
CM018529.1: 4830419-4830479 [+]
Ensembl
Mir-1990-P2 CM018529.1: 4832540-4832596 [+] Ensembl Mir-1986 CM018529.1: 4837237-4837295 [+] Ensembl |
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| Seed | CGGGACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAGUUGAAGAAAAGAUUUGACUGACCGCUCGGGAAUUGGCCAGGUCCGAGAGAUAGAAUUAUAAUAACUCGGGACAUUGUCAAUUCCAUGUGGUUUUUCAUAACUCAUCAUUGAUCAUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCAGUUGAAGAAAAGAUU--| CU UCG CAG GA AUAGAAU UGA GACCGC GGAAUUGGC GUCC GAG \ ACU UUGGUG CCUUAACUG CAGG CUC U ACUACUAGUUACUACUCAAU^ UU UA- UUA G- AAUAAUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Rph-Novel-2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGGAAUUGGCCAGGUCCGAGAGA -24
Get sequence
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| Mature sequence | Rph-Novel-2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UCGGGACAUUGUCAAUUCCAUG -61
Get sequence
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