| MirGeneDB ID | Rph-Mir-1986 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1986 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Japanese carpet shell (Ruditapes philippinarum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-1986 Cte-Mir-1986 Eba-Mir-1986 Efe-Mir-1986 Hru-Mir-1986-P1 Hru-Mir-1986-P2 Lan-Mir-1986 Lgi-Mir-1986 Lhy-Mir-1986 Mgi-Mir-1986 Mom-Mir-1986 Npo-Mir-1986 Obi-Mir-1986 Ofu-Mir-1986 Ovu-Mir-1986 Pdu-Mir-1986 Pve-Mir-1986-P3 Pve-Mir-1986-P4 Pve-Mir-1986-P5 War-Mir-1986 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Ruditapes_GCA_009026015) |
CM018529.1: 4837237-4837295 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1986) |
Novel-2
CM018529.1: 4830419-4830479 [+]
Ensembl
Mir-1990-P2 CM018529.1: 4832540-4832596 [+] Ensembl Mir-1986 CM018529.1: 4837237-4837295 [+] Ensembl |
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| Seed | GGAUUUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAGCUAUGGAUAAUGUUUCUAGUUAAGACCGCGGGUCAUGGGGAACACACUCUGUGUUAUUGAUGGUGGAUUUCCCAAGAUCCGUGAUCGUGGCUAGUUGUAUAUCUACACAAACAUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGAGCUAUGGAUAAUGUUU--| A C A CA CUGUGU CUAGUUA GA CGCGGGUC UGGGGAA CACU \ GAUCGGU CU GUGCCUAG ACCCUUU GUGG U AUACAAACACAUCUAUAUGUU^ G A A AG UAGUUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Rph-Mir-1986_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGCGGGUCAUGGGGAACACACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Rph-Mir-1986_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGGAUUUCCCAAGAUCCGUGAU -59
Get sequence
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