| MirGeneDB ID | Cte-Mir-1986 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-1986 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-1986 Eba-Mir-1986 Efe-Mir-1986 Hru-Mir-1986-P1 Hru-Mir-1986-P2 Lan-Mir-1986 Lgi-Mir-1986 Lhy-Mir-1986 Mgi-Mir-1986 Mom-Mir-1986 Npo-Mir-1986 Obi-Mir-1986 Ofu-Mir-1986 Ovu-Mir-1986 Pdu-Mir-1986 Pve-Mir-1986-P3 Pve-Mir-1986-P4 Pve-Mir-1986-P5 Rph-Mir-1986 War-Mir-1986 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_12: 607156-607216 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1986) |
Mir-1990-P1
CAPTEscaffold_12: 600050-600112 [+]
Ensembl
Mir-2692 CAPTEscaffold_12: 600189-600249 [+] Ensembl Mir-1990-P2-as CAPTEscaffold_12: 606809-606873 [-] Ensembl Mir-1990-P2 CAPTEscaffold_12: 606811-606875 [+] Ensembl Mir-1986 CAPTEscaffold_12: 607156-607216 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGAUUUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGCAGCCCUGCAACAGAGGCACGGCACAGGCACGGGUCACGGGGAAUGCGCAUGCGCAAAUGACAUCUGUGGAUUUCCCAUGAUCCGUAACUGCGUCCUGCUCAAUGUCGUUUGCUGAACUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CGCAGCCCUGCAACAGA--| C A GC C G UGCGCAA GGCA GGC CAG ACGGGUCA GGGGAAU CGCA \ UCGU CUG GUC UGCCUAGU CCCUUUA GUGU A UCAAGUCGUUUGCUGUAAC^ C C AA A G CUACAGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cte-Mir-1986_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CACGGGUCACGGGGAAUGCGCA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cte-Mir-1986_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGGAUUUCCCAUGAUCCGUAAC -61
Get sequence
|
