| MirGeneDB ID | Pve-Mir-1990-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-1990 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Vernerds tusk shell (Pictodentalium vernedei) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pve-Mir-1990-P2a1 Pve-Mir-1990-P2a2 Pve-Mir-1990-P2b Pve-Mir-1990-P2d Pve-Mir-1990-P2e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-1990-P2 Cte-Mir-1990-P2 Cte-Mir-1990-P2-as Eba-Mir-1990-P2 Efe-Mir-1990-P2 Hru-Mir-1990-P2 Lan-Mir-1990-P2 Lgi-Mir-1990-P2 Mgi-Mir-1990-P2 Mom-Mir-1990-P2 Npo-Mir-1990-P2 Ofu-Mir-1990-P2 Pdu-Mir-1990-P2 Pdu-Mir-1990-P2-as Rph-Mir-1990-P2 War-Mir-1990-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Dentaliidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Pve_genome_chr_only) |
Pve_Chr2: 352803059-352803115 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1990-P2c) |
Mir-1990-P2e
Pve_Chr2: 352798096-352798154 [-]
Ensembl
Mir-1990-P2d Pve_Chr2: 352800222-352800278 [-] Ensembl Mir-1986-P5 Pve_Chr2: 352801286-352801343 [-] Ensembl Mir-1986-P4 Pve_Chr2: 352801964-352802022 [-] Ensembl Mir-1990-P2c Pve_Chr2: 352803059-352803115 [-] Ensembl Mir-1990-P2b Pve_Chr2: 352803736-352803791 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGGACUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGCAACAGAGACUGAUAGGAUUCGUGCGCUGUAAGUUGUUGGGGUCCCAGGUGUACUCGAUUCCCAGGACUACUUCAACUACUCGCGCAAGUGUCUCAGAAAGCAACCAAUCAGGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CAGCAACAGAGACUGAUA-- UCG U-| A UUGG CA UGUAC GGAU UGCGC GUA GUUG GGUCC GG \ UCUG ACGCG CAU CAAC UCAGG CC U CGGACUAACCAACGAAAGAC UGA CU^ - UUCA AC UUAGC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Pve-Mir-1990-P2c_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAGUUGUUGGGGUCCCAGG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Pve-Mir-1990-P2c_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CAGGACUACUUCAACUACUCGC -57
Get sequence
|
