MirGeneDB ID | Rno-Mir-153-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-153 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGCAUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Norway rat (Rattus norvegicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | rno-mir-153 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-153-P1 Ami-Mir-153-P1 Asu-Mir-153 Bfl-Mir-153 Bla-Mir-153 Bpl-Mir-153 Bta-Mir-153-P1 Cfa-Mir-153-P1 Cgi-Mir-153 Cin-Mir-153 Cli-Mir-153-P1 Cmi-Mir-153-P1 Cpi-Mir-153-P1 Cpo-Mir-153-P1 Cte-Mir-153 Dma-Mir-153 Dno-Mir-153-P1 Dpu-Mir-153 Dre-Mir-153-P1a Ete-Mir-153-P1 Gga-Mir-153-P1 Gja-Mir-153-P1 Gmo-Mir-153-P1a Gmo-Mir-153-P1b Hsa-Mir-153-P1 Isc-Mir-153 Lan-Mir-153 Lch-Mir-153-P1 Lgi-Mir-153 Loc-Mir-153-P1 Mal-Mir-153-P1a Mal-Mir-153-P1b Mdo-Mir-153-P1 Mml-Mir-153-P1 Mmu-Mir-153-P1 Mun-Mir-153-P1 Npo-Mir-153 Oan-Mir-153-P1 Obi-Mir-153 Ocu-Mir-153-P1 Ovu-Mir-153 Pbv-Mir-153-P1 Pfl-Mir-153 Pma-Mir-153-o1 Pmi-Mir-153 Sha-Mir-153-P1 Sko-Mir-153 Sme-Mir-153 Spt-Mir-153-P1 Spu-Mir-153 Sto-Mir-153-P1 Tgu-Mir-153-P1 Tni-Mir-153-P1b Xbo-Mir-153 Xla-Mir-153-P1c Xla-Mir-153-P1d Xtr-Mir-153-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rn6) |
chr6: 145105077-145105137 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UACUUUGCCAGCUACUUAGCGGUGGCCAGUGUCAUUUUUGUGAUGUUGCAGCUAGUAAUAUGAGCCCAGUUGCAUAGUCACAAAAGUGAUCAUUGGAAACUGUGACUGCAGCAGGGACAUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UACUUUGCCAGCUACUUA GG -| GU AGUAAU GCGGU CCAGUG UCAUUUUUGUGAU UGCAGCU A UGUCA GGUUAC AGUGAAAACACUG ACGUUGA U GUACAGGGACGACGUCAG AA U^ AU CCCGAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Rno-Mir-153-P1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0017135 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUCAUUUUUGUGAUGUUGCAGCU -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: rno-miR-153-5p miRDB: MIMAT0017135 |
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Mature sequence | Rno-Mir-153-P1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0000855 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UUGCAUAGUCACAAAAGUGAUC -61
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000855 TargetScanVert: rno-miR-153-3p miRDB: MIMAT0000855 |